Activités-PGE

Pour les cultures bactériennes :

Incubateurs, centrifugeuses et spectrophotomètres

- Incubateurs NewBrunswick Innova I26 et I42 (*2) : avec agitation, possibilité de refroidir

- Centrifugeuses Eppendorf 5910Ri ; 5430RF et 5415R

-Spectrophotomètres pour suivi de l'absorbance

Pour la transformation des cellules bactériennes :

Electroporateur (x2)

Transformation cellulaire par électroporation (grâce à un champs électrique pour perméabilliser les membranes cellulaires)

Pour les extractions d'acides nucléiques et de protéines :

FastPrep et TissuLyser

• Conçu pour homogénéiser, broyer ou lyser rapidement et efficacement les échantillons biologiques
• Volume d’échantillon : ∼ 200 μL à 50 mL ; jusqu’à ∼ 25 g

Pour les dosages d'acides nucléiques :

Nanodrop

• Quantification UV de l'ADN simple et double brin, et de l'ARN
• Détection à partir de très petits volume (0,3 µL)
• Dispose également d'un vortex et lecture de l'absorbance (en cuve, longueur d'onde de 200 à 900nm)

  

Qubit

• Quantification par méthode fluorimétrique de l'ADN simple et double brin, de l'ARN, et des protéines.
  

  

Pour le contrôle qualités des échantillons d'ADN, d'ARN et de protéines :
 

Bioanalyser 2100 (Agilent)

• Technique de micro-fluidique
• Capacité à effectuer à la fois des séparations par électrophorèse, et les analyses des paramètres de fluorescence des cellules en cytométrie de flux.

Pour les amplifications d'acides nucléiques :

Appareils PCR (eppendorf) :

• PCR en point final
• Gradient possible de 8 températures
• Utilisation en barrettes ou en plaques

  

Appareils qPCR CFX-Duet (BioRad) :

• PCR en temps réel
• Gradient possible de 8 températures
• Lecture de fluorescence plaque complète en 3sec FAM/SybrGreen et 12sec si tous les canaux
• Logiciel libre de droit (Windows uniquement)

Pour le séquençage d'ADN :

Séquenceur NextSeq1000 (Illumina)

• Métagénomique, métatranscriptomique, AmpliconSeq, RNASeq…
• FlowCell P1, P2 ; en 100, 200 (P2 only), 300 ou 600pb
• Max 42h de run
• Jusqu’à 240Gb en sortie
• Jusqu’à 400M Single-End Reads

Pour les transferts sur membrane et la quantification de fluorescence :

iBlot

• Transfert rapide d'ADN, ARN ou protéines sur membrane

• 

C-DiGit blot scanner

• Révélation des Western-blot par chimioluminescence

  

Pour l'électrophorèse en champ pulsé :

CHEF-DR® II Pulsed Field Electrophoresis Systems

• Séparation de fragments d'ADN > 20 kb
• Détermination de la taille d'un génome
• Détermination du nombre de réplicons contenus dans un génome.