En savoir plus

La plateforme iBio (Informatique-BIOinformatique) apporte un appui en analyses statistiques et bioinformatiques des grands jeux de données biologiques.

 La plateforme iBio a / développe des compétences dans :

 -les études génomiques, métagénomiques, transcriptomiques, phénotypiques et métaboliques.

 -les approches phylogénétiques/phylogénomiques.

 -l'utilisation d'outils d'analyses multivariées de type Analyses en Composantes Principales, Analyses de co-inerties et d'analyses de réseaux de co-occurences/co-exclusions au sein de communautés microbiennes provenant d'écosystèmes divers.

La plateforme iBio est composée d’un maître de conférences et d’un ingénieur d’études localisés principalement sur le site LyonTech-la Doua (Bureau 13.037 3^ème étage du bâtiment Mendel, Villeurbanne).

Accès :

-Les services de la plateforme iBio ne sont accessibles qu’aux membres de l’Unité.

-Faire toutes les sollicitations par écrit, car disposer d’une trace des demandes permet de regrouper les demandes communes, d’organiser le temps de travail, de distinguer les projets lourds des demandes ponctuelles, de constituer un répertoire des solutions proposées.

-Contacter la plateforme en amont du dépôt de projets à des agences de financement si ces projets vont nécessiter le type d’analyses pris en charge par la plateforme.

Contact :

Pour toute information et pour avoir accès aux serveurs de calcul, contacter l’adresse générique : ibio@univ-lyon1.fr

Pour les demandes ultra-ponctuelles, il est possible de nous rendre visite au Bureau 13.037.

Accès au Wiki qui notamment regroupe des méthodologies employées pour des projets réalisés ou en cours (accès via identifiants Lyon 1) :
http://ecomicro.univ-lyon1.fr/wiki/doku.php?id=ibio:start

Publications Phare auxquelles iBio a contribué :

-Normand et al. 2023. Draft Genomes of Frankia strains AiPa1 and AiPs1 retrieved from soil with monocultures of Picea abies or Pinus sylvestris using Alnus incana as capture plant. J Genomics, 11:1-8. doi: 10.7150/jgen.77880.

 -Gruet et al. 2023. Wheat genome architecture influences interactions with phytobeneficial microbial functional groups in the rhizosphere. Plant Cell Environ, 46:1018-1032. doi: 10.1111/pce.14508.

-Alonso et al. 2022. Microbiome analysis of new, insidious cave wall alterations in the apse of Lascaux cave. Microorganisms, 10:2449. doi: 10.3390/microorganisms10122449.