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Etude de la diversité des symbiotes Frankia et du cycle de l'azote associés à l'aulne en zone humide de la Dombes dans un contexte de changement climatique.

Financements : bourse ministérielle E2M2 Gwennaëlle HENRY (2023-2026), encadrantes : Sandra KIM TIAM ; Amélie CANTAREL ; Aude HERRERA-BELAROUSSI. Partenaire : Fondation Pierre Vérots (https://www.fondation-pierre-verots.fr/)

Ce projet porte sur l’impact du changement global sur la diversité des acteurs microbiens du cycle de l’azote associés à l'aulne en zone humide de la Dombes. Il vise plus précisément à (i) décrire l’effet de l’hôte (A. glutinosa versus A. cordata) sur la diversité des populations de Frankia associées, des communautés microbiennes rhizosphériques et leurs fonctions en lien avec le cycle de l’azote, (ii) comprendre par quel biais l'aulne peut influencer les acteurs microbiens impliqués dans le cycle de l’azote, et (iii) évaluer la capacité d’A. cordata à remplir la fonction écologique de fixateur d’azote en conditions d’assèchement des sols.

Système immunitaire de l’aulne en symbiose avec Frankia, face au pathogène Phytophtora.

Financements : bourse ministérielle E2M2 Mathilde VINCENT (2020-2023), encadrantes: Aude HERRERA-BELAROUSSI, Anne-Emmanuelle HAY, Hasna BOUBAKRI ; projet EC2CO IMMUNOD (collaboration CEA-Marcoule)

• Evaluation de l’impact de Frankia sur la réponse immunitaire de l’aulne et donc sur les interactions plante/pathogène.
• Le système de défense de la plante serait-il maintenu actif suite à la nodulation par Frankia, renforçant ainsi sa réponse immunitaire et lui permettant de mieux se protéger contre les pathogènes ?

Compatibilité/incompatibilité d’hôte lors de la symbiose aulne/Frankia : réponses métabolomiques de Frankia au sécrétome de l’aulne”.

Financements : projet Bonus Qualité Recherche Accueil EC 2021 et EC 2022 (Sandra KIM TIAM)

Ce projet vise à étudier les relations de compatibilité/incompatibilité d’hôte lors de la symbiose Alnus/Frankia à travers (i) l’identification in silico des gènes caractéristiques des souches de Frankia infectives et non-infectives d’A. glutinosa via une approche de génomique comparée et (ii) la caractérisation in vivo de l’effet du sécrétome racinaire d’A. glutinosa sur une souche infective et une souche non-infective via une approche de métabolomique non-ciblée.

Fonctions des peptides antimicrobiens (PAMs) dans la symbiose Alnus/Frankia.

Financements : bourse ministérielle E2M2 Mélanie GASSER (2018-2021), encadrante : Hasna BOUBAKRI ; programme EC2CO DiFoPep (Hasna BOUBAKRI, Petar PUJIC, Philippe NORMAND, collaborations Biopark Archamps).

Les PAMs sont connus comme étant impliqués dans les mécanismes de défense des eucaryotes contre des pathogènes. Ici, nous nous intéressons aux rôles des PAMs chez l’aulne en symbiose avec Frankia.

• Répertoire global des PAMs : à partir du génome de l’aulne, des centaines de peptides appartenant à une dizaine de classes (LTP, defensines, etc...) ont pu être identifiés, dont certains sont surexprimés dans les cellules de l’aulne après 64h de contact avec Frankia (premier contact). L’objectif est de caractériser ces peptides et leur expression par différentes approches omics (bioinformatique, transcriptomique, proteomique…).
• Etude ciblée : en ciblant des peptides de type « defensin-like » et  « Lpid Transfer Protein », des investigations sont menées pour identifier leurs fonctions physiologiques.