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-microbiotes et occurrence de BPO (invasion, résistance, résilience): ce thème implique des analyses in situ avec acquisitions massives de données définissant les milieux colonisés (incluant l'Homme et sites d'observation en milieux naturels comme ceux de l'observatoire de terrain en hydrologie urbaine de Lyon) par les BPO, et également l’analyse de séquences d’ADN environnementaux par approches DNA méta-barcodings et métagénomiques. Ces approches permettent d'identifier les activités humaines ou agricoles et certains facteurs comme l'occurrence de polluants ou médicaments explicatifs de l’occurrence de BPO dans certains biotopes et cas cliniques. Ces approches permettent d'expliquer les répartitions d'espèces de BPO et flambées épidémiques ou environnementales. Ce thème très interdisciplinaire implique des collaborations avec les sciences humaines et sociales, médicales, de l'agro-alimentaire, de l'hydrologie, la géographie, de la chimie environnementale, et du génie civil. 

-adaptations des BPO aux contraintes environnementales. Ce thème implique des études en laboratoire sur culture pure de BPO ou en interaction avec d'autres composantes biotiques des systèmes colonisés dont les cellules épithéliales pulmonaires ou intestinales, et a pour objectif de préciser les processus de colonisation et de croissance des BPO dans les contextes d'étude du thème 1. Les phénomènes d'émergence de nouvelles propriétés ou innovations génomiques dans ces contextes sont également analysées. Des analyses comparatives des génomes de BPO ainsi que des profilages transcriptomiques sont effectuées, et appuyées de phénotypages à grande échelle. Ce thème implique également la recherche de solutions basées sur la nature pour prévenir l'installation des BPO dans les milieux colonisés comme l'utilisation de biomimétique à base de sucre bloquant les adhésines des BPO et prévenant la colonisation des cellules épithéliales.

Expression de flagelles latéraux suite à une acquisition d’îlots génomiques chez Burkholderia ambifaria