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Interactions entre les microorganismes et leur environnement
Si l’on veut à la fois connaître les mécanismes fins régulant les fonctions des microorganismes dans leur environnement naturel et quantifier les microorganismes qui sont responsables d’une activité donnée, il est souhaitable d’analyser les gènes impliqués.
Trop souvent on considère qu’une fonction est le fait d’une enzyme codée par un seul gène. Cette vision néglige le fait que les gènes sont souvent redondants et que l’information portée est étroitement régulée par les facteurs du milieu et/ou par les interactions avec d’autres organismes présents dans le milieu. Ceci apparaît très important pour toute étude écologique. Les voies métaboliques auxquelles nous nous intéressons sont complexes mais la génétique moderne procure des outils performants (mutagenèse, quantification des messagers, amplification par PCR, gènes rapporteurs...) qui permettent de les disséquer.
Nous avons donc fait le choix d’investir dans ces outils pour identifier les gènes et caractériser les processus mis en oeuvre par les microorganismes lors des interactions avec différentes plantes ou aussi de leur intervention dans le cycle de l’azote : fixation, dénitrification, nitrification.
Au delà de cette approche mécaniste qui constitue un deuxième axe transversal pour l’unité, nous utilisons ces informations sur les gènes pour augmenter les bases de données existantes, en tirer des informations sur la conservation des séquences et sur les voies de leur évolution. Nous comptons aussi utiliser ces informations pour identifier les microorganismes et estimer leur activité en milieu complexe.
