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Accueil > Plateformes techniques > Plateforme AME : Activités Microbiennes dans l’Environnement

Plateforme AME : Activités Microbiennes dans l’Environnement

Périmètre des activités de la plateforme AME :

Sont réunis sur la plateforme AME, les appareils et les compétences pour manipuler des souches, des communautés microbiennes ou divers types d’échantillons environnementaux (sols, sédiments, eaux…) pour en évaluer leurs activités.

Les activités de la plateforme incluent les phases d’incubation d’échantillons issus de l’environnement, de prélèvements gazeux ou liquides durant l’incubation et des mesures permettant la quantification de divers types d’activités, pour des échantillons environnementaux.

Une partie de l’activité de la plateforme consiste également aux développements d’outils et d’approches nouveaux en fonction du type d’activité microbienne ciblée, y compris l’incubation par des substrats marqués avec des isotopes stables (13C et 15N notamment).

Compétences :

  • préparation/ stockage et archivage des échantillons
  • incubations en conditions contrôlées (milieu liquide ou échantillons environnementaux) avec différents types de substrats, éventuellement marqués par des isotopes stables (15N, 13C).
  • dosages de composés gazeux ou solubles (O2, NO2, NO3, N2O, NH4, CO2, CH4, C2H4…) dans les échantillons. Suivi de la cinétique de consommation de substrats ou d’accumulation de produits.
  • utilisation des isotopes stables pour marquer les acides nucléiques (DNA/RNA SIP) : commande de substrats marqués, conditions d’incubation, jusqu’à la séparation de l’ADN et/ou ARN entre fractions marquées ou non.

Complémentarité et interactions avec les autres plateformes de l’UMR

Equipements actuels de la plateforme AME (mise à jour Septembre 2015) :

Liste des équipements disponibles sur la plateforme (non exhaustive) :

Préparation et incubation d’échantillons environnementaux en vue de mesures d’activités :

1 incubateur sous atmosphère contrôlé (CO2/O2)
2 incubateurs-agitateurs
1 boite à gants grand volume (atmosphères possibles actuellement : CO2, N2, He)
2 bancs d’inertage (mise sous atmosphère inerte)
1 générateur d’hydrogène

Mesure de substrats ou produits liés aux activités mesurées :
2 chromatographes en phase gazeuse (CPG ‘microcatharomètres’)
1 chromatographe en phase gazeuse (CPG FID)
1 chromatographe ionique double colonnes (ECD) avec passeur d’échantillons (100) thermostaté
1 passeur /incubateur automatique d’échantillons (16) pour CPG
1 lecteur de microplaques
18 systèmes ‘MicroResp’®

Autres matériels :

1 banc mélangeur
1 balance de précision connectée à un ordinateur
Diverses balances du mg à 20kg
1 hotte à flux laminaire
1 four dessiccateur
1 pHmètre portable de terrain
Pipettes multicanaux

Gaz disponible sur la plateforme :

  • H2
  • N2
  • He
  • CO2
  • C2H2
  • air
  • N2O

La plateforme a des installations de gaz aux normes de sécurité (armoires ventilés, générateur d’hydrogène, tuyauterie inox...).

Activités de la plateforme AME au cours de ces dernières années :

Implications dans l’enseignement : chaque année, formation de 145 étudiants à l’utilisation de la chromatographie pour mesurer les activités microbiennes = 100h/an

Activités intra UMR :

  • Cinétique de croissance bactérienne et d’activités microbiennes (Equipes 1-4-5)
  • Manipulation de l’atmosphère de culture (Equipes 3-5-7)
  • Mesures d’activités microbiennes dans les sols (Equipes 1-2-3-5-8)
  • Validation fonctionnelle de mutant (Equipe 3-5)

Activités avec d’autres UMR/plateformes de la FR41 :

  • Manipulation sous atmosphère contrôlée (DTAMB)
  • Mesures d’activités microbiennes dans l’environnement (LEHNA ; LBBE)

Activités avec des partenaires académiques régionaux :

  • Activités microbiennes du sol et de sédiments (IRSTEA Grenoble ; ISA Lyon ; LECA Grenoble ; ZABR ; ZA-Lautaret)
  • Dosage de biogaz issus de composts ou de sédiments aquatiques (Lycée du Parc Lyon ; IRSTEA Lyon ; ISA)
  • Dosage d’azote minéral dans les sédiments (IRSTEA Lyon)

Activités avec des partenaires académiques nationaux :

  • Activités microbiennes du sol et de sédiments (AgroPariTech Paris ; EcoLab Toulouse ; Eco&Sol Montpellier ; ENS Paris ; LSE Paris Sud ; LMGE Clermont Ferrand ; ORE-ACBB ; ORE-Foret )
  • Dosage d’azote minéral dans les sols (AgroParitech Paris)
    Activités avec des partenaires académiques internationaux :
  • Activités microbiennes du sol et de sédiments (Institut Forel Genève Suisse ; University of Groningen )

Activités avec des partenaires privés :

  • Dosage d’azote minéral dans les sols (Solicaz)
  • Mesure d’émission de gaz et de l’activité microbienne pour des systèmes de traitement de l’eau (Anjou Recherche/Veolia)
  • Mesure de l’activité microbienne dans des biofiltres végétalisés (Canevaflor)
  • Mesure de l’impact d’amendements organiques sur le fonctionnement du sol (Biotox/Bayer)

Gouvernance de la plateforme AME :

Comité de direction : Amélie Cantarel
Personnel : Jonathan Gervaix
Comité scientifique : Maria Fernandez (UMR5557), Hervé Fritz (Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive), Céline Lavire (UMR5557), Florian Mermillod Blondin (Laboratoire d’Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropiques) & Sylvie Nazaret (UMR5557)

Conditions d’accès :

Les activités de la plateforme AME sont ouvertes aux partenaires académiques et privés.

Pour toutes informations contacter : Amélie Cantarel (amelie.cantarel univ-lyon1.fr) et Jonathan Gervaix (jonathan.gervaix univ-lyon1.fr)

Pour les partenaires ayant déjà pris contact avec la plateforme, les demandes d’utilisation et d’accès aux équipements doivent se faire à l’adresse :
http://ecomicro.univ-lyon1.fr/grr/day.php?area=12

Ces demandes doivent être précises (type de mesures, nombres d’échantillons, intervalles de temps entre les mesures, contraintes particulières…). Elles sont ensuite validées par les responsables de la plateforme de manière à assurer au mieux la satisfaction de l’ensemble des utilisateurs.

Localisation de la plateforme AME :

La plateforme est localisée au sein du laboratoire d’Ecologie Microbienne de Lyon au 16 rue Raphaël Dubois au 4e étage du bâtiment G. Mendel, 69100 Villeurbanne, France.

Tarifs :

Différentes grilles tarifaires sont appliquées en fonction de votre appartenance à l’UMR d’Ecologie Microbienne, à un organisme publique ou à une société privée.
Certaines prestations peuvent être développées à la demande : n’hésitez pas à nous contacter pour discuter de la faisabilité et avoir une estimation du coût.

Tarifs pour organismes publiques et sociétés privées : fournis sur simple demande.