Langues du site :

Partenaires

CNRS
UCBL
INRA
ENVL
FR41
IDEX




Rechercher

Sur ce site


Accueil > Plateformes techniques > Centre d’Etude des Substances Naturelles

Centre d’Etude des Substances Naturelles

JPEG - 347.3 ko

PRESENTATION

Le CESN (Centre d’Etude des Substances Naturelles) est une plateforme de l’UMR CNRS 5557-Ecologie microbienne, basée à l’Université Claude Bernard Lyon 1. Les activités du CESN sont centrées sur des thématiques concernant :

  • L’écologie chimique appliquée aux interactions biotiques et abiotiques
  • La caractérisation chimique et biologique de substances naturelles
  • La métabolomique et le profilage métabolique d’extraits végétaux, microbiens et animaux
  • Le fractionnement bio-guidé

PNG - 45.5 ko

Les personnels de recherche associés au CESN sont impliqués dans les différentes équipes de l’Unité et travaillent principalement sur :

  • L’étude des métabolites impliqués dans des interactions biotiques (écologie, environnement, santé,…) telles que les symbioses actinorhiziennes, les symbioses associatives, les interactions pathogènes....
  • La caractérisation de l’influence des facteurs biotiques ou abiotiques environnementaux sur l’expression métabolique d’un partenaire dans un écosystème défini.
  • La chimiobiodiversité et ses applications potentielles.

L’écologie chimique est l’étude du rôle des métabolites synthétisés par les organismes vivants dans la médiation des interactions biotiques et abiotiques. Les interactions entre organismes, intra et interspécifiques, se manifestent par la production de molécules signal ou de défense. L’écologie chimique se trouve donc au cœur des questions fondamentales en biologie évolutive et en écologie fonctionnelle sur le fonctionnement des écosystèmes et sur l’origine et le maintien de la biodiversité.

PNG - 149.4 ko

Dans ce cadre, l’utilisation d’outils d’analyse phytochimique et de retraitement de données par des outils de biostatistique/bioinformatique permet non seulement d’améliorer les connaissances sur la chimiobiodiversité d’espèces végétales endémiques, mais également de mettre en évidence l’implication des métabolites secondaires dans les interactions.

Ce nouvel angle d’observation de la biodiversité, complémentaire des outils de transcriptomique ou de génomique est un des atouts futurs qui doit permettre de faire de grandes avancées sur la compréhension de la complexité et de l’originalité des écosystèmes et de pouvoir plus facilement en dégager des applications potentielles dans le cadre du développement soutenable.

Mots clés : Ecologie chimique, interactions biotiques et abiotiques, métabolomique, métabolites primaires et secondaires, chimie des substances naturelles.

EQUIPEMENTS

  • LC/MS : UHPLC/DAD série 1290 Infinity / Q-TOF 6530 (Agilent Technologies).
    Sources : ESI JetStream et APCI.

JPEG - 7.8 ko

JPEG - 7.3 ko

  • HPLC : HPLC/DAD/FLD série 1100, avec four à colonne (Agilent Technologies).
    HPLC/DAD série 1200 avec collecteur de fractions (Agilent Technologies).
    JPEG - 14 ko
  • CPG/MS : CPG série 7890A /QQQ série 7000A, avec passeur automatique d’échantillons 150 positions (Agilent Technologies).
    JPEG - 9 ko
  • CPG série 6890N /EI-Q-MSD série 5973, avec passeur automatique d’échantillons (Agilent Technologies).
    JPEG - 6.9 ko
  • Spectrophotomètre UV/Visible : UV/Vis série 4583 piloté par informatique (Agilent Technologies)
    JPEG - 7.5 ko
  • Préparation d’échantillons
    - Rampes de distillation pour la production d’huiles essentielles.
    - Extracteur ASE (Accelerated Solvent Extraction) série 200 (Dionex).
    - Bains à ultrasons, centrifugeuses, balances de précision.
    - Lyophilisateurs (Christ Alpha 1-4®, Fisher Bioblock), concentrateur-évaporateur SpeedVac® (Labconco).
    - Robot Hamilton MicroLab STARlet

JPEG - 39 koJPEG - 14.3 ko

JPEG - 184.8 ko

PERSONNEL

Enseignants - Chercheurs

Pr M.G. DIJOUX-FRANCA (Responsable scientifique)
Equipe Multi-résistance Environnementale et Efflux Bactérien
marie-genevieve.dijoux-franca univ-lyon1.fr

Pr G. COMTE (Collaborations industrielles)
Equipe Rhizosphère
gilles.comte univ-lyon1.fr

Dr A.E. HAY- de BETTIGNIES
Equipe Symbiose Actinorhizienne
hay.de-bettignies univ-lyon1.fr

Dr I. KERZAON
Equipe Diversité et Adaptation des Bactéries Phytopathogènes
isabelle.kerzaon univ-lyon1.fr

Dr C. LAVIRE
Equipe Diversité et Adaptation des Bactéries Phytopathogènes
celine.lavire univ-lyon1.fr

Pr L. LEGENDRE
Equipe Rhizosphère
laurent.legendre univ-lyon1.fr

Dr S. MICHALET
Equipe Multi-résistance Environnementale et Efflux Bactérien
serge.michalet univ-lyon1.fr

Personnels Techniques

G. MEIFFREN, IE (Responsable Scientifique adjoint)
Equipe Multi-résistance Environnementale et Efflux Bactérien
guillaume.meiffren univ-lyon1.fr

M. REY, AI (Responsable Technique)
Equipe Rhizosphère
marjolaine.rey univ-lyon1.fr

V. GAILLARD, AI
Equipe Diversité et Adaptation des Bactéries Phytopathogènes
vincent.gaillard univ-lyon1.fr

Doctorant(e)s

L. RIEUSSET
Equipe Rhizosphère
Laura.rieusset univ-lyon1.fr

R. PADILLA
Equipe Diversité et Adaptation des Bactéries Phytopathogènes
ropagui hotmail.com

CONDITIONS D’ACCES

Les activités de la plateforme CESN sont ouvertes aux partenaires académiques et privés.
Pour toute information, contacter l’adresse générique : cesn univ-lyon1.fr

PRODUCTION SCIENTIFIQUE

2020



  • Czarnes, S., Mercier, P.-E., Lemoine, D.G., Hamzaoui, J., Legendre, L., 2020. Impact of soil water content on maize responses to the plant growth-promoting rhizobacterium Azospirillum lipoferum CRT1. Journal of Agronomy and Crop Science n/a. https://doi.org/10.1111/jac.12399

2019



  • Habbadi, K., Duplay, Q., Chapulliot, D., Kerzaon, I., Benkirane, R., Benbouazza, A., Wisniewski-Dyé, F., Lavire, C., Achbani, E.H., Vial, L., 2019. Characterization and phylogenetic diversity of Allorhizobium vitis isolated from grapevine in Morocco. Journal of Applied Microbiology. https://doi.org/10.1111/jam.14523


  • Lebot, V., Michalet, S., Legendre, L., 2019. Kavalactones and Flavokavins Profiles Contribute to Quality Assessment of Kava (Piper methysticum G. Forst.), the Traditional Beverage of the Pacific. Beverages 5, 34. https://doi.org/10.3390/beverages5020034


  • Maaloul, A., Michalet, S., Saadaoui, E., Ghzel, N., Bekir, J., Romdhane, C.B., Mars, M., Dijoux-Franca, M.-G., Romdhane, M., 2019. Effect of treated wastewater on growth and secondary metabolites production of two Eucalyptus species. Agricultural Water Management 211, 1-9. https://doi.org/10.1016/j.agwat.2018.09.027


  • Maaloul, A., Sancho, M.V.E.R.D.E.G.U.E.R., Oddo, M., Saadaoui, E., Jebri, M., Michalet, S., Dijoux Franca, M.G., Mars, M., Romdhane, M., 2019. Effect of Short and Long Term Irrigation with Treated Wastewater on Chemical Composition and Herbicidal Activity of Eucalyptus camaldulensis Dehn. Essential Oils. Notulae Botanicae Horti Agrobotanici Cluj-Napoca 47, 1374-1381. https://doi.org/10.15835/nbha47411374


  • Meyer, T., Thiour-Mauprivez, C., Wisniewski-Dyé, F., Kerzaon, I., Comte, G., Vial, L., Lavire, C., 2019. Ecological Conditions and Molecular Determinants Involved in Agrobacterium Lifestyle in Tumors. Frontiers in Plant Science 10, 978. https://doi.org/10.3389/fpls.2019.00978

  • Michalet, S., Minard, G., Chevalier, W., Meiffren, G., Saucereau, Y., Tran Van, V., Comte, G., Tran, F.H., Valiente Moro, C., 2019. Identification of human skin bacteria attractive to the Asian Tiger mosquito. Environmental Microbiology 21, 4662-4674. https://doi.org/10.1111/1462-2920.14793


  • Miotto-Vilanova, L., Courteaux, B., Padilla, R., Rabenoelina, F., Jacquard, C., Clément, C., Comte, G., Lavire, C., Ait Barka, E., Kerzaon, I., Sanchez, L., 2019. Impact of Paraburkholderia phytofirmans PsJN on Grapevine Phenolic Metabolism. International Journal of Molecular Sciences 20, 5775. https://doi.org/10.3390/ijms20225775


  • Rozier, C., Gerin, F., Czarnes, S., Legendre, L., 2019. Biopriming of maize germination by the plant growth-promoting rhizobacterium Azospirillum lipoferum CRT1. Journal of Plant Physiology 237, 111-119. https://doi.org/10.1016/j.jplph.2019.04.011


  • Valette, M., Rey, M., Gerin, F., Comte, G., Wisniewski-Dyé, F., 2019. A common metabolomic signature is observed upon inoculation of rice roots with various rhizobacteria. Journal of Integrative Plant Biology. https://doi.org/10.1111/jipb.12810

2018



  • Besset-Manzoni, Y., Rieusset, L., Joly, P., Comte, G., Prigent-Combaret, C., 2018. Exploiting rhizosphere microbial cooperation for developing sustainable agriculture strategies. Environmental Science and Pollution Research 1-18. https://doi.org/10.1007/s11356-017-1152-2


  • Chiapusio, G., Jassey, V.E.J., Bellvert, F., Comte, G., Weston, L.A., Delarue, F., Buttler, A., Toussaint, M.L., Binet, P., 2018. Sphagnum Species Modulate their Phenolic Profiles and Mycorrhizal Colonization of Surrounding Andromeda polifolia along Peatland Microhabitats. Journal of Chemical Ecology. https://doi.org/10.1007/s10886-018-1023-4

  • Doussan, C., Bérard, A., Czarnes, S., Legendre, L., Legouis, J., Ruy, S., Guix, N., 2018. Do Plant Roots Modify The Soil Water Retention Properties of Rhizospheric Soil ? Evidences from the field and controlled conditions. AGU Fall Meeting Abstracts 23.


  • Meyer, T., Vigouroux, A., Aumont-Nicaise, M., Comte, G., Vial, L., Lavire, C., Moréra, S., 2018. The plant defense signal galactinol is specifically used as a nutrient by the bacterial pathogen Agrobacterium fabrum. Journal of Biological Chemistry 293, 7930-7941. https://doi.org/10.1074/jbc.RA118.001856

  • Meyer, T., Renoud, S., Vigouroux, A., Miomandre, A., Gaillard, V., Kerzaon, I., Prigent-Combaret, C., Comte, G., Moréra, S., Vial, L., Lavire, C., 2018. Regulation of hydroxycinnamic acid degradation drives Agrobacterium fabrum lifestyles. Molecular plant-microbe interactions: MPMI. https://doi.org/10.1094/MPMI-10-17-0236-R


  • Pham, H.N., Pham, P.A., Nguyen, T.T.H., Meiffren, G., Brothier, E., Lamy, I., Michalet, S., Dijoux-Franca, M.-G., Nazaret, S., 2018. Influence of metal contamination in soil on metabolic profiles of Miscanthus x giganteus belowground parts and associated bacterial communities. Applied Soil Ecology 125, 240-249. https://doi.org/10.1016/j.apsoil.2018.01.004


  • Radix, S., Jordheim, A.D., Rocheblave, L., N'Digo, S., Prignon, A.-L., Commun, C., Michalet, S., Dijoux-Franca, M.-G., Mularoni, A., Walchshofer, N., 2018. N,N′ -disubstituted cinnamamide derivatives potentiate ciprofloxacin activity against overexpressing NorA efflux pump Staphylococcus aureus 1199B strains. European Journal of Medicinal Chemistry. https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2018.03.028


  • Rouifed, S., Puijalon, S., Bardon, C., Meiffren, G., Buonomo, A., Sebei, N., Poussineau, S., Vallier, F., Shimoda, M., Piola, F., 2018. Comparison of defence and performance traits between one widespread clone and native populations in a major invasive plant species. Diversity and Distributions. https://doi.org/10.1111/ddi.12690


  • Zidat, T., Dufour, A.-B., Meiffren, G., Gabirot, M., Comte, G., Allainé, D., 2018. Anal scent gland secretions inform on sexual maturity, sex and social status in the Alpine marmot, Marmota marmota (Rodentia: Sciuridae): a role in intrasexual competition in cooperative breeders? Biological Journal of the Linnean Society 125, 229-239. https://doi.org/10.1093/biolinnean/bly117

2017



  • Bardon, C., Poly, F., Haichar, F.Z., Le Roux, X., Simon, L., Meiffren, G., Comte, G., Rouifed, S., Piola, F., 2017. Biological denitrification inhibition (BDI) with procyanidins induces modification of root traits, growth and N status in Fallopia x bohemica. Soil Biology and Biochemistry 107, 41-49. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2016.12.009


  • Bouri, M., Gharsa, H.B., Vial, L., Lavire, C., Glick, B.R., Rhouma, A., 2017. A simple and stable method of tagging Agrobacterium fabrum C58 for environmental monitoring. Phytopathologia Mediterranea 56, 1-9. https://doi.org/10.14601/Phytopathol_Mediterr-18072


  • El Moujahid, L., Le Roux, X., Michalet, S., Bellvert, F., Weigelt, A., Poly, F., 2017. Effect of plant diversity on the diversity of soil organic compounds. PLOS ONE 12, e0170494. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0170494


  • Guyonnet, J.P., Vautrin, F., Meiffren, G., Labois, C., Cantarel, A.A.M., Michalet, S., Comte, G., Haichar, F.Z., 2017. The effects of plant nutritional strategy on soil microbial denitrification activity through rhizosphere primary metabolites. FEMS Microbiology Ecology 93. https://doi.org/10.1093/femsec/fix022


  • Habbadi, K., Meyer, T., Vial, L., Gaillard, V., Benkirane, R., Benbouazza, A., Kerzaon, I., Achbani, E.H., Lavire, C., 2017. Essential oils of Origanum compactum and Thymus vulgaris exert a protective effect against the phytopathogen Allorhizobium vitis. Environmental Science and Pollution Research International 1-10. https://doi.org/10.1007/s11356-017-1008-9


  • Hay, A.E., Boubakri, H., Buonomo, A., Rey, M., Meiffren, G., Cotin-Galvan, L., Comte, G., Herrera-Belaroussi, A., 2017. Control of Endophytic Frankia Sporulation by Alnus Nodule Metabolites. Molecular Plant-Microbe Interactions 30, 205-214. https://doi.org/10.1094/MPMI-11-16-0235-R


  • Joffard, N., Legendre, L., Gibernau, M., Pascal, L., 2017. Differential Accumulation of Volatile Organic Compounds by Leaves and Roots of Two Guianese Philodendron Species, P. fragrantissimum Kunth and P. melinonii Brongn. Chemistry & Biodiversity 14, e1600415. https://doi.org/10.1002/cbdv.201600415

  • Kasrati, A., Alaoui Jamali, C., Spooner-Hart, R., Legendre, L., Leach, D., Abbad, A., 2017. Chemical Characterization and Biological Activities of Essential Oil Obtained from Mint Timija Cultivated under Mineral and Biological Fertilizers. Journal of Analytical Methods in Chemistry.


  • Le Quéré, A., Tak, N., Gehlot, H.S., Lavire, C., Meyer, T., Chapulliot, D., Rathi, S., Sakrouhi, I., Rocha, G., Rohmer, M., Severac, D., Filali-Maltouf, A., Munive, J.-A., 2017. Genomic characterization of Ensifer aridi, a proposed new species of nitrogen-fixing rhizobium recovered from Asian, African and American deserts. BMC Genomics 18, 85. https://doi.org/10.1186/s12864-016-3447-y


  • Lebot, V., Lawac, F., Michalet, S., Legendre, L., 2017. Characterization of taro [Colocasia esculenta (L.) Schott] germplasm for improved flavonoid composition and content. Plant Genetic Resources 15, 260-268. https://doi.org/10.1017/S1479262115000581


  • Lhuissier, T., Mercier, P.-E., Michalet, S., Lebot, V., Legendre, L., 2017. Colorimetric assessment of kava (Piper methysticum Forst.) quality. Journal of Food Composition and Analysis 59, 27-34. https://doi.org/10.1016/j.jfca.2017.02.005


  • Michalet, S., Rouifed, S., Pellassa-Simon, T., Fusade-Boyer, M., Meiffren, G., Nazaret, S., Piola, F., 2017. Tolerance of Japanese knotweed s.l. to soil artificial polymetallic pollution: early metabolic responses and performance during vegetative multiplication. Environmental Science and Pollution Research 1-11. https://doi.org/10.1007/s11356-017-9716-8


  • Pham, H.N., Michalet, S., Bodillis, J., Nguyen, T.D., Nguyen, T.K.O., Le, T.P.Q., Haddad, M., Nazaret, S., Dijoux-Franca, M.-G., 2017. Impact of metal stress on the production of secondary metabolites in Pteris vittata L. and associated rhizosphere bacterial communities. Environmental Science and Pollution Research 1-16. https://doi.org/10.1007/s11356-017-9167-2


  • Rozier, C., Hamzaoui, J., Lemoine, D., Czarnes, S., Legendre, L., 2017. Field-based assessment of the mechanism of maize yield enhancement by Azospirillum lipoferum CRT1. Scientific reports 7, 7416. https://doi.org/10.1038/s41598-017-07929-8

2016



  • Bardon, C., Poly, F., Piola, F., Pancton, M., Comte, G., Meiffren, G., Haichar, F.Z., 2016. Mechanism of biological denitrification inhibition (BDI): procyanidins induce an allosteric transition of the membrane-bound NO3-reductase through membrane alteration. FEMS Microbiology Ecology 92, fiw034. https://doi.org/10.1093/femsec/fiw034
  • Carro, L., Pujic, P., Alloisio, N., Fournier, P., Boubakri, H., Poly, F., Rey, M., Heddi, A., Normand, P., 2016. Physiological effects of major up-regulated Alnus glutinosa peptides on Frankia sp. ACN14a. Microbiology 162, 1173–1184.


  • Chaabane, F., Mustapha, N., Mokdad-Bzeouich, I., Sassi, A., Kilani-Jaziri, S., Dijoux Franca, M.G., Michalet, S., Fathallah, M., Krifa, M., Ghedira, K., Chekir-Ghedira, L., 2016. In vitro and in vivo anti-melanoma effects of Daphne gnidium aqueous extract via activation of the immune system. Tumor Biology 37, 6511-6517. https://doi.org/10.1007/s13277-015-4492-x


  • Lebot, V., Michalet, S., Legendre, L., 2016. Identification and quantification of phenolic compounds responsible for the antioxidant activity of sweet potatoes with different flesh colours using high performance thin layer chromatography (HPTLC). Journal of Food Composition and Analysis 49, 94-101. https://doi.org/10.1016/j.jfca.2016.04.009

  • Lebot,, V., Legendre, L., 2016. Comparison of kava (<i>Piper methysticum</i> Forst.) varieties by UV absorbance of acetonic extracts and high-performance thin-layer chromatography 48, 25-33.


  • Muñoz-Cuervo, I., Malapa, R., Michalet, S., Lebot, V., Legendre, L., 2016. Secondary metabolite diversity in taro, Colocasia esculenta (L.) Schott, corms. Journal of Food Composition and Analysis 52, 24-32. https://doi.org/10.1016/j.jfca.2016.07.004

  • Randriamboavonjy, J.I., Loirand, G., Vaillant, N., Lauzier, B., Derbré, S., Michalet, S., Pacaud, P., Tesse, A., 2016. Cardiac Protective Effects of Moringa oleifera Seeds in Spontaneous Hypertensive Rats. American Journal of Hypertension 29, 873-881. https://doi.org/10.1093/ajh/hpw001

  • Rozier, C., Erban, A., Hamzaoui, J., Prigent-Combaret, C., Comte, G., Kopka, J., Czarnes, S., Legendre, L., 2016. Xylem Sap Metabolite Profile Changes During Phytostimulation of Maize by the Plant Growth-Promoting Rhizobacterium, Azospirillum lipoferum CRT1. Metabolomics (Los Angel) 6, 2153–0769.


  • Vacheron, J., Combes-Meynet, E., Walker, V., Gouesnard, B., Muller, D., Moënne-Loccoz, Y., Prigent-Combaret, C., 2016. Expression on roots and contribution to maize phytostimulation of 1-aminocyclopropane-1-decarboxylate deaminase gene acdS in Pseudomonas fluorescens F113. Plant and Soil 407, 187-202. https://doi.org/10.1007/s11104-016-2907-0


  • Vacheron, J., Moënne-Loccoz, Y., Dubost, A., Gonçalves-Martins, M., Muller, D., Prigent-Combaret, C., 2016. Fluorescent Pseudomonas Strains with only Few Plant-Beneficial Properties Are Favored in the Maize Rhizosphere. Plant Biotic Interactions 7, 1212. https://doi.org/10.3389/fpls.2016.01212