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Centre d’Etude des Substances Naturelles

Le Centre d’Etude des Substances Naturelles (CESN) est une plateforme de l’UMR CNRS 5557-Ecologie microbienne, basée à l’Université Claude Bernard Lyon 1.

Les métabolites secondaires ont longtemps été considérés comme sources potentielles de nouvelles molécules bioactives ou comme éléments phénotypiques, complémentaires des données génotypiques, dans la taxonomie. L’évolution des techniques d’analyse a permis d’ouvrir d’autres voies d’exploration de la biodiversité à l’échelle moléculaire. Ces outils, mis à profit dans l’étude des molécules impliquées dans les interactions biotiques, permettent de définir de façon plus précise les contours chimiques de ces interactions, ouvrant ainsi vers un domaine nouveau : l’écologie chimique.

L’écologie chimique est donc l’étude du rôle des composés chimiques dans la médiation des interactions biotiques. Les interactions entre organismes, aux niveaux intra et interspécifiques, se déroulent dans un monde où des molécules organiques dominent comme signaux et comme défenses. L’écologie chimique se trouve donc au cœur des questions fondamentales en biologie évolutive et en écologie fonctionnelle sur le fonctionnement des écosystèmes et sur l’origine et le maintien de la biodiversité

Dans ce cadre, l’utilisation d’outils d’analyse phytochimique et de biomathématique nous a permis non seulement d’améliorer les connaissances sur la chimiobiodiversité d’espèces végétales endémiques, mais également de mettre en évidence l’implication des métabolites secondaires dans les interactions
Ce nouvel angle d’observation de la biodiversité, complémentaire des outils de transcriptomique ou de génomique est un des atouts futurs qui doit nous permettre de faire, avec succès, de grandes avancées sur la compréhension de la complexité et de l’originalité des écosystèmes et de pouvoir plus facilement en dégager des applications potentielles dans le cadre du développement soutenable.

Les activités du CESN sont centrées sur des thématiques concernant :

  • L’écologie chimique appliquée aux interactions plantes-microorganismes
  • La caractérisation chimique et biologique de substances naturelle
  • La métabolomique et le profilage métabolique d’extraits végétaux et bactériens
  • Le fractionnement bio-guidé de molécules naturelles

Les personnels de recherche associés au CESN sont impliqués dans les différentes équipes de l’Unité et travaillent principalement sur :

  • L’étude des métabolites impliqués dans des interactions biotiques (écologie, environnement, santé,…) telles que les symbioses actinorhiziennes, les symbioses associatives,....
  • La caractérisation de l’influence des facteurs biotiques environnementaux sur l’expression métabolique d’un partenaire dans un écosystème défini.
  • La chimiobiodiversité et ses applications potentielles.

Par ailleurs, le CESN a mis en place des partenariats que ce soit aux niveaux académique ou industriel et propose une offre de services et d’expertises autour des substances naturelles.

2019



  • Maaloul, A., Michalet, S., Saadaoui, E., Ghzel, N., Bekir, J., Romdhane, C. B., et al. (2019). Effect of treated wastewater on growth and secondary metabolites production of two Eucalyptus species. Agricultural Water Management, 211, 1-9. doi:10.1016/j.agwat.2018.09.027

2018



  • Besset-Manzoni, Y., Rieusset, L., Joly, P., Comte, G., & Prigent-Combaret, C. (2018). Exploiting rhizosphere microbial cooperation for developing sustainable agriculture strategies. Environmental Science And Pollution Research, 1-18. doi:10.1007/s11356-017-1152-2


  • Chiapusio, G., Jassey, V. E. J., Bellvert, F., Comte, G., Weston, L. A., Delarue, F., et al. (2018). Sphagnum Species Modulate their Phenolic Profiles and Mycorrhizal Colonization of Surrounding Andromeda polifolia along Peatland Microhabitats. Journal Of Chemical Ecology. doi:10.1007/s10886-018-1023-4

  • Meyer, T., Renoud, S., Vigouroux, A., Miomandre, A., Gaillard, V., Kerzaon, I., et al. (2018). Regulation of hydroxycinnamic acid degradation drives Agrobacterium fabrum lifestyles. Molecular Plant-Microbe Interactions: Mpmi. doi:10.1094/MPMI-10-17-0236-R


  • Pham, H. N., Pham, P. A., Nguyen, T. T. H., Meiffren, G., Brothier, E., Lamy, I., et al. (2018). Influence of metal contamination in soil on metabolic profiles of Miscanthus x giganteus belowground parts and associated bacterial communities. Applied Soil Ecology, 125, 240-249. doi:10.1016/j.apsoil.2018.01.004


  • Radix, S., Jordheim, A. D., Rocheblave, L., N'Digo, S., Prignon, A. - L., Commun, C., et al. (2018). N,N′ -disubstituted cinnamamide derivatives potentiate ciprofloxacin activity against overexpressing NorA efflux pump Staphylococcus aureus 1199B strains. European Journal Of Medicinal Chemistry. doi:10.1016/j.ejmech.2018.03.028


  • Rouifed, S., Puijalon, S., Bardon, C., Meiffren, G., Buonomo, A., Sebei, N., et al. (2018). Comparison of defence and performance traits between one widespread clone and native populations in a major invasive plant species. (I. Ibáñez, Éd.)Diversity And Distributions. doi:10.1111/ddi.12690


  • Zidat, T., Dufour, A. - B., Meiffren, G., Gabirot, M., Comte, G., & Allainé, D. (2018). Anal scent gland secretions inform on sexual maturity, sex and social status in the Alpine marmot, Marmota marmota (Rodentia: Sciuridae): a role in intrasexual competition in cooperative breeders? Biological Journal Of The Linnean Society, 125(2), 229-239. doi:10.1093/biolinnean/bly117

2017



  • Bardon, C., Poly, F., Haichar, F. Z., Le Roux, X., Simon, L., Meiffren, G., et al. (2017). Biological denitrification inhibition (BDI) with procyanidins induces modification of root traits, growth and N status in Fallopia x bohemica. Soil Biology And Biochemistry, 107, 41-49. doi:10.1016/j.soilbio.2016.12.009


  • Bouri, M., Gharsa, H. B., Vial, L., Lavire, C., Glick, B. R., & Rhouma, A. (2017). A simple and stable method of tagging Agrobacterium fabrum C58 for environmental monitoring. Phytopathologia Mediterranea, 56(1), 1-9. doi:10.14601/Phytopathol_Mediterr-18072


  • El Moujahid, L., Le Roux, X., Michalet, S., Bellvert, F., Weigelt, A., & Poly, F. (2017). Effect of plant diversity on the diversity of soil organic compounds. Plos One, 12(2), e0170494. doi:10.1371/journal.pone.0170494


  • Guyonnet, J. P., Vautrin, F., Meiffren, G., Labois, C., Cantarel, A. A. M., Michalet, S., et al. (2017). The effects of plant nutritional strategy on soil microbial denitrification activity through rhizosphere primary metabolites. Fems Microbiology Ecology, 93(4). doi:10.1093/femsec/fix022


  • Habbadi, K., Meyer, T., Vial, L., Gaillard, V., Benkirane, R., Benbouazza, A., et al. (2017). Essential oils of Origanum compactum and Thymus vulgaris exert a protective effect against the phytopathogen Allorhizobium vitis. Environmental Science And Pollution Research International, 1-10. doi:10.1007/s11356-017-1008-9


  • Hay, A. E., Boubakri, H., Buonomo, A., Rey, M., Meiffren, G., Cotin-Galvan, L., et al. (2017). Control of Endophytic Frankia Sporulation by Alnus Nodule Metabolites. Molecular Plant-Microbe Interactions, 30(3), 205-214. doi:10.1094/MPMI-11-16-0235-R


  • Joffard, N., Legendre, L., Gibernau, M., & Pascal, L. (2017). Differential Accumulation of Volatile Organic Compounds by Leaves and Roots of Two Guianese Philodendron Species, P. fragrantissimum Kunth and P. melinonii Brongn. Chemistry & Biodiversity, 14(4), e1600415. doi:10.1002/cbdv.201600415

  • Kasrati, A., Alaoui Jamali, C., Spooner-Hart, R., Legendre, L., Leach, D., & Abbad, A. (2017). Chemical Characterization and Biological Activities of Essential Oil Obtained from Mint Timija Cultivated under Mineral and Biological Fertilizers. Journal Of Analytical Methods In Chemistry. Consulté de https://www.hindawi.com/journals/jamc/2017/6354532/


  • Le Quéré, A., Tak, N., Gehlot, H. S., Lavire, C., Meyer, T., Chapulliot, D., et al. (2017). Genomic characterization of Ensifer aridi, a proposed new species of nitrogen-fixing rhizobium recovered from Asian, African and American deserts. Bmc Genomics, 18(1), 85. doi:10.1186/s12864-016-3447-y


  • Lebot, V., Lawac, F., Michalet, S., & Legendre, L. (2017). Characterization of taro [Colocasia esculenta (L.) Schott] germplasm for improved flavonoid composition and content. Plant Genetic Resources, 15(3), 260-268. doi:10.1017/S1479262115000581


  • Lebot, V., Lawac, F., Michalet, S., & Legendre, L. (2017). Characterization of taro [Colocasia esculenta (L.) Schott] germplasm for improved flavonoid composition and content. Plant Genetic Resources, 15(3), 260–268. doi:10.1017/S1479262115000581


  • Lhuissier, T., Mercier, P. - E., Michalet, S., Lebot, V., & Legendre, L. (2017). Colorimetric assessment of kava (Piper methysticum Forst.) quality. Journal Of Food Composition And Analysis, 59, 27-34. doi:10.1016/j.jfca.2017.02.005


  • Michalet, S., Rouifed, S., Pellassa-Simon, T., Fusade-Boyer, M., Meiffren, G., Nazaret, S., & Piola, F. (2017). Tolerance of Japanese knotweed s.l. to soil artificial polymetallic pollution: early metabolic responses and performance during vegetative multiplication. Environmental Science And Pollution Research, 1-11. doi:10.1007/s11356-017-9716-8


  • Pham, H. N., Michalet, S., Bodillis, J., Nguyen, T. D., Nguyen, T. K. O., Le, T. P. Q., et al. (2017). Impact of metal stress on the production of secondary metabolites in Pteris vittata L. and associated rhizosphere bacterial communities. Environmental Science And Pollution Research, 1-16. doi:10.1007/s11356-017-9167-2


  • Rozier, C., Hamzaoui, J., Lemoine, D., Czarnes, S., & Legendre, L. (2017). Field-based assessment of the mechanism of maize yield enhancement by Azospirillum lipoferum CRT1. Scientific Reports, 7(1), 7416. doi:10.1038/s41598-017-07929-8

2016



  • Bardon, C., Poly, F., Piola, F., Pancton, M., Comte, G., Meiffren, G., & Haichar, F. Z. (2016). Mechanism of biological denitrification inhibition (BDI): procyanidins induce an allosteric transition of the membrane-bound NO3-reductase through membrane alteration. Fems Microbiology Ecology, 92(5), fiw034. doi:10.1093/femsec/fiw034
  • Carro, L., Pujic, P., Alloisio, N., Fournier, P., Boubakri, H., Poly, F., et al. (2016). Physiological effects of major up-regulated Alnus glutinosa peptides on Frankia sp. ACN14a. Microbiology, 162(7), 1173–1184.


  • Chaabane, F., Mustapha, N., Mokdad-Bzeouich, I., Sassi, A., Kilani-Jaziri, S., Dijoux Franca, M. G., et al. (2016). In vitro and in vivo anti-melanoma effects of Daphne gnidium aqueous extract via activation of the immune system. Tumor Biology, 37(5), 6511-6517. doi:10.1007/s13277-015-4492-x


  • Chaabane, F., Mustapha, N., Mokdad-Bzeouich, I., Sassi, A., Kilani-Jaziri, S., Dijoux Franca, M. G., et al. (2016). In vitro and in vivo anti-melanoma effects of Daphne gnidium aqueous extract via activation of the immune system. Tumor Biology, 37(5), 6511–6517. doi:10.1007/s13277-015-4492-x


  • Lebot, V., Michalet, S., & Legendre, L. (2016). Identification and quantification of phenolic compounds responsible for the antioxidant activity of sweet potatoes with different flesh colours using high performance thin layer chromatography (HPTLC). Journal Of Food Composition And Analysis, 49, 94-101. doi:10.1016/j.jfca.2016.04.009

  • Lebot,, V., & Legendre, L. (2016). Comparison of kava (<i>Piper methysticum</i> Forst.) varieties by UV absorbance of acetonic extracts and high-performance thin-layer chromatography, 48, 25-33. Consulté de http://publications.cirad.fr/une_notice.php?dk=579943


  • Muñoz-Cuervo, I., Malapa, R., Michalet, S., Lebot, V., & Legendre, L. (2016). Secondary metabolite diversity in taro, Colocasia esculenta (L.) Schott, corms. Journal Of Food Composition And Analysis, 52, 24-32. doi:10.1016/j.jfca.2016.07.004

  • Randriamboavonjy, J. I., Loirand, G., Vaillant, N., Lauzier, B., Derbré, S., Michalet, S., et al. (2016). Cardiac Protective Effects of Moringa oleifera Seeds in Spontaneous Hypertensive Rats. American Journal Of Hypertension, 29(7), 873-881. doi:10.1093/ajh/hpw001

  • Rozier, C., Erban, A., Hamzaoui, J., Prigent-Combaret, C., Comte, G., Kopka, J., et al. (2016). Xylem Sap Metabolite Profile Changes During Phytostimulation of Maize by the Plant Growth-Promoting Rhizobacterium, Azospirillum lipoferum CRT1. Metabolomics (Los Angel), 6(182), 2153–0769. Consulté de https://www.researchgate.net/publication/308919302_Xylem_Sap_Metabolite_Profile_Changes_During_Phytostimulation_of_Maize_by_the_Plant_Growth-Promoting_Rhizobacterium_Azospirillum_lipoferum_CRT1


  • Vacheron, J., Combes-Meynet, E., Walker, V., Gouesnard, B., Muller, D., Moënne-Loccoz, Y., & Prigent-Combaret, C. (2016). Expression on roots and contribution to maize phytostimulation of 1-aminocyclopropane-1-decarboxylate deaminase gene acdS in Pseudomonas fluorescens F113. Plant And Soil, 407(1-2), 187-202. doi:10.1007/s11104-016-2907-0


  • Vacheron, J., Moënne-Loccoz, Y., Dubost, A., Gonçalves-Martins, M., Muller, D., & Prigent-Combaret, C. (2016). Fluorescent Pseudomonas Strains with only Few Plant-Beneficial Properties Are Favored in the Maize Rhizosphere. Plant Biotic Interactions, 7, 1212. doi:10.3389/fpls.2016.01212


  • Vacheron, J., Moënne-Loccoz, Y., Dubost, A., Gonçalves-Martins, M., Muller, D., & Prigent-Combaret, C. (2016). Fluorescent Pseudomonas Strains with only Few Plant-Beneficial Properties Are Favored in the Maize Rhizosphere. Plant Biotic Interactions, 7, 1212. doi:10.3389/fpls.2016.01212

2015



  • Bardon, C., Piola, F., Haichar, F. Z., Meiffren, G., Comte, G., Misery, B., et al. (2015). Identification of B-type procyanidins in <i>Fallopia</i> spp. involved in biological denitrification inhibition (BDI): B-type procyanidins from Fallopia involved in BDI. Environmental Microbiology. doi:10.1111/1462-2920.13062
  • Bardon, C., Poly, F., Piola, F., Haichar, F. Z., & Comte, G. (2015). Utilisation de proanthocyanidines pour lutter contre la dénitrification.


  • Benabdelkader, T., Guitton, Y., Pasquier, B., Magnard, J. L., Jullien, F., Kameli, A., & Legendre, L. (2015). Functional characterization of terpene synthases and chemotypic variation in three lavender species of section Stoechas. Physiologia Plantarum, 153(1), 43-57. doi:10.1111/ppl.12241

  • Bérard, A., Ruy, S., Coronel, A., Toussaint, B., Czarnes, S., Legendre, L., & Doussan, C. (2015). Rhizosphere: a leverage for tolerance to water deficits of soil microflora ? Dans (Vol. 17, p. 9481). Présenté à EGU General Assembly Conference Abstracts. Consulté de http://adsabs.harvard.edu/abs/2015EGUGA.17.9481B


  • Carro-Garcia, L., Pujic, P., Alloisio, N., Fournier, P., Boubakri, H., Hay, A. E., et al. (2015). Alnus peptides modify membrane porosity and induce the release of nitrogen-rich metabolites from nitrogen-fixing Frankia. The Isme Journal, 9(8), 1723–1733. doi:10.1038/ismej.2014.257


  • Chahad, A. M., Michalet, S., Bechir, A. B., Tidjani, A., Nkongmeneck, B. A., & Dijoux-Franca, M. - G. (2015). Medicinal Plants from the Ouaddaï Province (Chad): An Ethnobotanical Survey of Plants Used in Traditional Medicine. The Journal Of Alternative And Complementary Medicine, 21(9), 569-577. doi:10.1089/acm.2014.0243


  • Chamam, A., Wisniewski-Dyé, F., Comte, G., Bertrand, C., & Prigent-Combaret, C. (2015). Differential responses of Oryza sativa secondary metabolism to biotic interactions with cooperative, commensal and phytopathogenic bacteria. Planta. doi:10.1007/s00425-015-2382-5


  • Christina, M., Rouifed, S., Puijalon, S., Vallier, F., Meiffren, G., Bellvert, F., & Piola, F. (2015). Allelopathic effect of a native species on a major plant invader in Europe. The Science Of Nature, 102(3-4), 1-8. doi:10.1007/s00114-015-1263-x

  • Doussan, C., Cousin, I., Berard, A., Chabbi, A., Legendre, L., Czarnes, S., et al. (2015). Crop systems and plant roots can modify the soil water holding capacity. Dans (Vol. 17, p. 9285). Présenté à EGU General Assembly Conference Abstracts. Consulté de http://adsabs.harvard.edu/abs/2015EGUGA.17.9285D

  • Habbadi, K. (2015). Biological Control of <i>Agrobacterium vitis<i/> using Essential Oils of <i>Origanum compactum<i/> and <i>Thymus vulgaris<i/>. Présenté à 2 ème Symposium International AFERP - STOLON « Biodiversité et Substances naturelles», LYON. Consulté de http://www.dr-achbani.com/wp-content/uploads/2015/09/poster-LyonCL-version-x.pdf


  • Lebot, V., & Legendre, L. (2015). HPTLC screening of taro hybrids ( <i>Colocasia esculenta</i> (L.) Schott) with high flavonoids and antioxidants contents. (C. Bachem, Éd.)Plant Breeding, 134(1), 129-134. doi:10.1111/pbr.12225


  • Lebot, V., & Legendre, L. (2015). HPTLC screening of taro hybrids ( <i>Colocasia</i> esculenta (L.) Schott) with high flavonoids and antioxidants contents. (C. Bachem, Éd.)Plant Breeding, 134(1), 129–134. doi:10.1111/pbr.12225
  • Moënne-Loccoz, Y., Walker, V., Bouffaud, M. L., Kyselková, M., Renoud, S., Vacheron, J., et al. (2015). Significance of maize diversification for symbiotic interactions between roots and soil bacteria. Dans . Présenté à EUCARPIA Meetings, Montpellier, France: communication orale.


  • Moja, S., Guitton, Y., Nicolè, F., Legendre, L., Pasquier, B., Upson, T., & Jullien, F. (2015). Genome size and plastid trnK-matK markers give new insights into the evolutionary history of the genus Lavandula L. Plant Biosystems - An International Journal Dealing With All Aspects Of Plant Biology, (ja), 1-9. doi:10.1080/11263504.2015.1014006
  • Renoud, S. (2015). Effect of Azospirillum inoculation on the abundance and genetic diversity of key phytobeneficial microbial functional groups in the maize rhizosphere. Dans . Présenté à Rhizosphere4, Maastricht , Pays-Bas: communication orale.

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Responsable : Gilles Comte
site web : http://www.cesn.fr
Tél : 04.72.44.82.05