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Centre d’Etude des Substances Naturelles

Le Centre d’Etude des Substances Naturelles (CESN) est une plateforme de l’UMR CNRS 5557-Ecologie microbienne, basée à l’Université Claude Bernard Lyon 1.

Les métabolites secondaires ont longtemps été considérés comme sources potentielles de nouvelles molécules bioactives ou comme éléments phénotypiques, complémentaires des données génotypiques, dans la taxonomie. L’évolution des techniques d’analyse a permis d’ouvrir d’autres voies d’exploration de la biodiversité à l’échelle moléculaire. Ces outils, mis à profit dans l’étude des molécules impliquées dans les interactions biotiques, permettent de définir de façon plus précise les contours chimiques de ces interactions, ouvrant ainsi vers un domaine nouveau : l’écologie chimique.

L’écologie chimique est donc l’étude du rôle des composés chimiques dans la médiation des interactions biotiques. Les interactions entre organismes, aux niveaux intra et interspécifiques, se déroulent dans un monde où des molécules organiques dominent comme signaux et comme défenses. L’écologie chimique se trouve donc au cœur des questions fondamentales en biologie évolutive et en écologie fonctionnelle sur le fonctionnement des écosystèmes et sur l’origine et le maintien de la biodiversité

Dans ce cadre, l’utilisation d’outils d’analyse phytochimique et de biomathématique nous a permis non seulement d’améliorer les connaissances sur la chimiobiodiversité d’espèces végétales endémiques, mais également de mettre en évidence l’implication des métabolites secondaires dans les interactions
Ce nouvel angle d’observation de la biodiversité, complémentaire des outils de transcriptomique ou de génomique est un des atouts futurs qui doit nous permettre de faire, avec succès, de grandes avancées sur la compréhension de la complexité et de l’originalité des écosystèmes et de pouvoir plus facilement en dégager des applications potentielles dans le cadre du développement soutenable.

Les activités du CESN sont centrées sur des thématiques concernant :

  • L’écologie chimique appliquée aux interactions plantes-microorganismes
  • La caractérisation chimique et biologique de substances naturelle
  • La métabolomique et le profilage métabolique d’extraits végétaux et bactériens
  • Le fractionnement bio-guidé de molécules naturelles

Les personnels de recherche associés au CESN sont impliqués dans les différentes équipes de l’Unité et travaillent principalement sur :

  • L’étude des métabolites impliqués dans des interactions biotiques (écologie, environnement, santé,…) telles que les symbioses actinorhiziennes, les symbioses associatives,....
  • La caractérisation de l’influence des facteurs biotiques environnementaux sur l’expression métabolique d’un partenaire dans un écosystème défini.
  • La chimiobiodiversité et ses applications potentielles.

Par ailleurs, le CESN a mis en place des partenariats que ce soit aux niveaux académique ou industriel et propose une offre de services et d’expertises autour des substances naturelles.

2018



  • Besset-Manzoni, Y., Rieusset, L., Joly, P., Comte, G., Prigent-Combaret, C., 2018. Exploiting rhizosphere microbial cooperation for developing sustainable agriculture strategies. Environmental Science and Pollution Research 1-18. https://doi.org/10.1007/s11356-017-1152-2

  • Meyer, T., Renoud, S., Vigouroux, A., Miomandre, A., Gaillard, V., Kerzaon, I., Prigent-Combaret, C., Comte, G., Moréra, S., Vial, L., Lavire, C., 2018. Regulation of hydroxycinnamic acid degradation drives Agrobacterium fabrum lifestyles. Molecular plant-microbe interactions: MPMI. https://doi.org/10.1094/MPMI-10-17-0236-R


  • Radix, S., Jordheim, A.D., Rocheblave, L., N'Digo, S., Prignon, A.-L., Commun, C., Michalet, S., Dijoux-Franca, M.-G., Mularoni, A., Walchshofer, N., 2018. N,N′ -disubstituted cinnamamide derivatives potentiate ciprofloxacin activity against overexpressing NorA efflux pump Staphylococcus aureus 1199B strains. European Journal of Medicinal Chemistry. https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2018.03.028


  • Rouifed, S., Puijalon, S., Bardon, C., Meiffren, G., Buonomo, A., Sebei, N., Poussineau, S., Vallier, F., Shimoda, M., Piola, F., 2018. Comparison of defence and performance traits between one widespread clone and native populations in a major invasive plant species. Diversity and Distributions. https://doi.org/10.1111/ddi.12690

2017

  • Anne-Emmanuelle, H., Hasna, B., Antoine, B., Marjolaine, R., Guillaume, M., Laetitia, C.-G., Gilles, C., Aude, H.-B., 2017. Control of Endophytic Frankia Sporulation by Alnus Nodule Metabolites. Molecular Plant-Microbe Interactions 30, 205–214.


  • Bardon, C., Poly, F., Haichar, F.Z., Le Roux, X., Simon, L., Meiffren, G., Comte, G., Rouifed, S., Piola, F., 2017. Biological denitrification inhibition (BDI) with procyanidins induces modification of root traits, growth and N status in Fallopia x bohemica. Soil Biology and Biochemistry 107, 41-49. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2016.12.009


  • Bouri, M., Gharsa, H.B., Vial, L., Lavire, C., Glick, B.R., Rhouma, A., 2017. A simple and stable method of tagging Agrobacterium fabrum C58 for environmental monitoring. Phytopathologia Mediterranea 56, 1-9. https://doi.org/10.14601/Phytopathol_Mediterr-18072


  • El Moujahid, L., Le Roux, X., Michalet, S., Bellvert, F., Weigelt, A., Poly, F., 2017. Effect of plant diversity on the diversity of soil organic compounds. PLOS ONE 12, e0170494. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0170494


  • Guyonnet, J.P., Vautrin, F., Meiffren, G., Labois, C., Cantarel, A.A.M., Michalet, S., Comte, G., Haichar, F.Z., 2017. The effects of plant nutritional strategy on soil microbial denitrification activity through rhizosphere primary metabolites. FEMS Microbiology Ecology 93. https://doi.org/10.1093/femsec/fix022


  • Habbadi, K., Meyer, T., Vial, L., Gaillard, V., Benkirane, R., Benbouazza, A., Kerzaon, I., Achbani, E.H., Lavire, C., 2017. Essential oils of Origanum compactum and Thymus vulgaris exert a protective effect against the phytopathogen Allorhizobium vitis. Environmental Science and Pollution Research International 1-10. https://doi.org/10.1007/s11356-017-1008-9


  • Hay, A.E., Boubakri, H., Buonomo, A., Rey, M., Meiffren, G., Cotin-Galvan, L., Comte, G., Herrera-Belaroussi, A., 2017. Control of Endophytic Frankia Sporulation by Alnus Nodule Metabolites. Molecular Plant-Microbe Interactions 30, 205-214. https://doi.org/10.1094/MPMI-11-16-0235-R


  • Joffard, N., Legendre, L., Gibernau, M., Pascal, L., 2017. Differential Accumulation of Volatile Organic Compounds by Leaves and Roots of Two Guianese Philodendron Species, P. fragrantissimum Kunth and P. melinonii Brongn. Chemistry & Biodiversity 14, e1600415. https://doi.org/10.1002/cbdv.201600415
  • Kasrati, A., Alaoui Jamali, C., Spooner-Hart, R., Legendre, L., Leach, D., Abbad, A., 2017. Chemical Characterization and Biological Activities of Essential Oil Obtained from Mint Timija Cultivated under Mineral and Biological Fertilizers. Journal of analytical methods in chemistry 2017.

  • Kasrati, A., Alaoui Jamali, C., Spooner-Hart, R., Legendre, L., Leach, D., Abbad, A., 2017. Chemical Characterization and Biological Activities of Essential Oil Obtained from Mint Timija Cultivated under Mineral and Biological Fertilizers. Journal of Analytical Methods in Chemistry.


  • Le Quéré, A., Tak, N., Gehlot, H.S., Lavire, C., Meyer, T., Chapulliot, D., Rathi, S., Sakrouhi, I., Rocha, G., Rohmer, M., Severac, D., Filali-Maltouf, A., Munive, J.-A., 2017. Genomic characterization of Ensifer aridi, a proposed new species of nitrogen-fixing rhizobium recovered from Asian, African and American deserts. BMC Genomics 18, 85. https://doi.org/10.1186/s12864-016-3447-y


  • Lebot, V., Lawac, F., Michalet, S., Legendre, L., 2017. Characterization of taro [Colocasia esculenta (L.) Schott] germplasm for improved flavonoid composition and content. Plant Genetic Resources 15, 260-268. https://doi.org/10.1017/S1479262115000581


  • Lhuissier, T., Mercier, P.-E., Michalet, S., Lebot, V., Legendre, L., 2017. Colorimetric assessment of kava (Piper methysticum Forst.) quality. Journal of Food Composition and Analysis 59, 27-34. https://doi.org/10.1016/j.jfca.2017.02.005


  • Michalet, S., Rouifed, S., Pellassa-Simon, T., Fusade-Boyer, M., Meiffren, G., Nazaret, S., Piola, F., 2017. Tolerance of Japanese knotweed s.l. to soil artificial polymetallic pollution: early metabolic responses and performance during vegetative multiplication. Environmental Science and Pollution Research 1-11. https://doi.org/10.1007/s11356-017-9716-8


  • Pham, H.N., Michalet, S., Bodillis, J., Nguyen, T.D., Nguyen, T.K.O., Le, T.P.Q., Haddad, M., Nazaret, S., Dijoux-Franca, M.-G., 2017. Impact of metal stress on the production of secondary metabolites in Pteris vittata L. and associated rhizosphere bacterial communities. Environmental Science and Pollution Research 1-16. https://doi.org/10.1007/s11356-017-9167-2


  • Rozier, C., Hamzaoui, J., Lemoine, D., Czarnes, S., Legendre, L., 2017. Field-based assessment of the mechanism of maize yield enhancement by Azospirillum lipoferum CRT1. Scientific reports 7, 7416. https://doi.org/10.1038/s41598-017-07929-8

2016



  • Bardon, C., Poly, F., Piola, F., Pancton, M., Comte, G., Meiffren, G., Haichar, F.Z., 2016. Mechanism of biological denitrification inhibition (BDI): procyanidins induce an allosteric transition of the membrane-bound NO3-reductase through membrane alteration. FEMS Microbiology Ecology 92, fiw034. https://doi.org/10.1093/femsec/fiw034
  • Carro, L., Pujic, P., Alloisio, N., Fournier, P., Boubakri, H., Poly, F., Rey, M., Heddi, A., Normand, P., 2016. Physiological effects of major up-regulated Alnus glutinosa peptides on Frankia sp. ACN14a. Microbiology 162, 1173–1184.


  • Chaabane, F., Mustapha, N., Mokdad-Bzeouich, I., Sassi, A., Kilani-Jaziri, S., Dijoux Franca, M.G., Michalet, S., Fathallah, M., Krifa, M., Ghedira, K., Chekir-Ghedira, L., 2016. In vitro and in vivo anti-melanoma effects of Daphne gnidium aqueous extract via activation of the immune system. Tumor Biology 37, 6511-6517. https://doi.org/10.1007/s13277-015-4492-x


  • Lebot, V., Michalet, S., Legendre, L., 2016. Identification and quantification of phenolic compounds responsible for the antioxidant activity of sweet potatoes with different flesh colours using high performance thin layer chromatography (HPTLC). Journal of Food Composition and Analysis 49, 94-101. https://doi.org/10.1016/j.jfca.2016.04.009

  • Lebot,, V., Legendre, L., 2016. Comparison of kava (<i>Piper methysticum</i> Forst.) varieties by UV absorbance of acetonic extracts and high-performance thin-layer chromatography 48, 25-33.


  • Muñoz-Cuervo, I., Malapa, R., Michalet, S., Lebot, V., Legendre, L., 2016. Secondary metabolite diversity in taro, Colocasia esculenta (L.) Schott, corms. Journal of Food Composition and Analysis 52, 24-32. https://doi.org/10.1016/j.jfca.2016.07.004

  • Randriamboavonjy, J.I., Loirand, G., Vaillant, N., Lauzier, B., Derbré, S., Michalet, S., Pacaud, P., Tesse, A., 2016. Cardiac Protective Effects of Moringa oleifera Seeds in Spontaneous Hypertensive Rats. American Journal of Hypertension 29, 873-881. https://doi.org/10.1093/ajh/hpw001

  • Rozier, C., Erban, A., Hamzaoui, J., Prigent-Combaret, C., Comte, G., Kopka, J., Czarnes, S., Legendre, L., 2016. Xylem Sap Metabolite Profile Changes During Phytostimulation of Maize by the Plant Growth-Promoting Rhizobacterium, Azospirillum lipoferum CRT1. Metabolomics (Los Angel) 6, 2153–0769.


  • Vacheron, J., Combes-Meynet, E., Walker, V., Gouesnard, B., Muller, D., Moënne-Loccoz, Y., Prigent-Combaret, C., 2016. Expression on roots and contribution to maize phytostimulation of 1-aminocyclopropane-1-decarboxylate deaminase gene acdS in Pseudomonas fluorescens F113. Plant and Soil 407, 187-202. https://doi.org/10.1007/s11104-016-2907-0


  • Vacheron, J., Moënne-Loccoz, Y., Dubost, A., Gonçalves-Martins, M., Muller, D., Prigent-Combaret, C., 2016. Fluorescent Pseudomonas Strains with only Few Plant-Beneficial Properties Are Favored in the Maize Rhizosphere. Plant Biotic Interactions 7, 1212. https://doi.org/10.3389/fpls.2016.01212

2015



  • Bardon, C., Piola, F., Haichar, F.Z., Meiffren, G., Comte, G., Misery, B., Balby, M., Poly, F., 2015. Identification of B-type procyanidins in <i>Fallopia</i> spp. involved in biological denitrification inhibition (BDI): B-type procyanidins from Fallopia involved in BDI. Environmental Microbiology. https://doi.org/10.1111/1462-2920.13062
  • Bardon, C., Poly, F., Piola, F., Haichar, F.Z., Comte, G., 2015. Utilisation de proanthocyanidines pour lutter contre la dénitrification. 1552258.


  • Benabdelkader, T., Guitton, Y., Pasquier, B., Magnard, J.L., Jullien, F., Kameli, A., Legendre, L., 2015. Functional characterization of terpene synthases and chemotypic variation in three lavender species of section Stoechas. Physiologia Plantarum 153, 43-57. https://doi.org/10.1111/ppl.12241

  • Bérard, A., Ruy, S., Coronel, A., Toussaint, B., Czarnes, S., Legendre, L., Doussan, C., 2015. Rhizosphere: a leverage for tolerance to water deficits of soil microflora ?, dans: . Présenté à EGU General Assembly Conference Abstracts, p. 9481.


  • Carro-Garcia, L., Pujic, P., Alloisio, N., Fournier, P., Boubakri, H., Hay, A.E., Poly, F., François, P., Hocher, V., Mergaert, P., Balmand, S., Rey, M., Heddi, A., Normand, P., 2015. Alnus peptides modify membrane porosity and induce the release of nitrogen-rich metabolites from nitrogen-fixing Frankia. The ISME Journal 9, 1723–1733. https://doi.org/10.1038/ismej.2014.257


  • Chahad, A.M., Michalet, S., Bechir, A.B., Tidjani, A., Nkongmeneck, B.A., Dijoux-Franca, M.-G., 2015. Medicinal Plants from the Ouaddaï Province (Chad): An Ethnobotanical Survey of Plants Used in Traditional Medicine. The Journal of Alternative and Complementary Medicine 21, 569-577. https://doi.org/10.1089/acm.2014.0243


  • Chamam, A., Wisniewski-Dyé, F., Comte, G., Bertrand, C., Prigent-Combaret, C., 2015. Differential responses of Oryza sativa secondary metabolism to biotic interactions with cooperative, commensal and phytopathogenic bacteria. Planta. https://doi.org/10.1007/s00425-015-2382-5


  • Christina, M., Rouifed, S., Puijalon, S., Vallier, F., Meiffren, G., Bellvert, F., Piola, F., 2015. Allelopathic effect of a native species on a major plant invader in Europe. The Science of Nature 102, 1-8. https://doi.org/10.1007/s00114-015-1263-x

  • Doussan, C., Cousin, I., Berard, A., Chabbi, A., Legendre, L., Czarnes, S., Toussaint, B., Ruy, S., 2015. Crop systems and plant roots can modify the soil water holding capacity, dans: . Présenté à EGU General Assembly Conference Abstracts, p. 9285.

  • Habbadi, K., 2015. Biological Control of <i>Agrobacterium vitis<i/> using Essential Oils of <i>Origanum compactum<i/> and <i>Thymus vulgaris<i/>.


  • Lebot, V., Legendre, L., 2015. HPTLC screening of taro hybrids ( <i>Colocasia esculenta</i> (L.) Schott) with high flavonoids and antioxidants contents. Plant Breeding 134, 129-134. https://doi.org/10.1111/pbr.12225
  • Moënne-Loccoz, Y., Walker, V., Bouffaud, M.L., Kyselková, M., Renoud, S., Vacheron, J., Comte, G., Gouesnard, B., Muller, D., Prigent-Combaret, C., 2015. Significance of maize diversification for symbiotic interactions between roots and soil bacteria, dans: . Présenté à EUCARPIA Meetings, communication orale, Montpellier, France.


  • Moja, S., Guitton, Y., Nicolè, F., Legendre, L., Pasquier, B., Upson, T., Jullien, F., 2015. Genome size and plastid trnK-matK markers give new insights into the evolutionary history of the genus Lavandula L. Plant Biosystems - An International Journal Dealing with all Aspects of Plant Biology 1-9. https://doi.org/10.1080/11263504.2015.1014006
  • Renoud, S., 2015. Effect of Azospirillum inoculation on the abundance and genetic diversity of key phytobeneficial microbial functional groups in the maize rhizosphere, dans: . Présenté à Rhizosphere4, communication orale, Maastricht , Pays-Bas.
  • Vacheron, J., Combes-Meynet, E., Bellvert, F., Moënne-Loccoz, Y., Muller, D., Prigent-Combaret, C., 2015. Plant growth-promoting properties of Pseudomonas biocontrol agent producing 2,4 diacetylphloroglucinol, dans: Natural Products And Biocontrol.
  • Vacheron, J., Renoud, S., Padilla, R., Walker, V., Muller, D., Prigent-Combaret, C., 2015. Functional interactions between co-occurring plant beneficial activities from PGPR: which impact on plant growth?, dans: . Présenté à 10th International PGPR Workshop, communication orale, Liège - Belgique.

2014



  • Azzouzi, S., Zaabat, N., Medjroubi, K., Akkal, S., Benlabed, K., Smati, F., Dijoux-Franca, M.-G., 2014. Phytochemical and biological activities of <i>Bituminaria bituminosa L.</i> (Fabaceae). Asian Pacific Journal of Tropical Medicine 7, S481-S484. https://doi.org/10.1016/S1995-7645(14)60278-9


  • Bardon, C., Piola, F., Bellvert, F., Haichar, F.Z., Comte, G., Meiffren, G., Pommier, T., Puijalon, S., Tsafack, N., Poly, F., 2014. Evidence for biological denitrification inhibition (BDI) by plant secondary metabolites. New Phytologist 204, 620-630. https://doi.org/10.1111/nph.12944


  • Campillo, T., Renoud, S., Kerzaon, I., Vial, L., Baude, J., Gaillard, V., Bellvert, F., Chamignon, C., Comte, G., Nesme, X., Lavire, C., Hommais, F., 2014. Analysis of hydroxycinnamic acids degradation in <i>Agrobacterium fabrum<i/> reveals a CoA-dependent, beta-oxidative deacetylation pathway. Applied and Environmental Microbiology AEM.00475-14. https://doi.org/10.1128/AEM.00475-14

  • Chaabane, F., Krifa, M., Matera, E., Loussaeif, A., Dijoux-Franca, M.-G., Ghedira, K., Dumontet, C., Chekir-Ghedira, L., 2014. In vitro antileukaemic activity of extracts from Daphne gnidium leaves against sensitive and multidrug resistant K562/R7 cells. Tumour Biology: The Journal of the International Society for Oncodevelopmental Biology and Medicine 35, 8991-8998. https://doi.org/10.1007/s13277-014-2129-0

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Responsable : Gilles Comte
site web : http://www.cesn.fr
Tél : 04.72.44.82.05