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Caracterisation des microorganismes
Bien sûr, les taxons microbiens sont trop nombreux pour être tous étudiés, de plus ils ne font pas tous l’unanimité des microbiologistes. Nous avons donc choisi de travailler sur quelques groupes de microorganismes dont les activités sont particulièrement marquantes pour l’Homme comme par exemple ceux qui améliorent la croissance des plantes, qui conditionnent les flux d’azote ou qui participent au catabolisme des xénobiotiques.
Il existe un nombre élevé d’espèces microbiennes, dont beaucoup sont encore inconnues. Le chiffre en lui-même a peu d’intérêt mais il est en augmentation régulière. Notre meilleure connaissance du monde microbien provient pour l’essentiel d’une révolution dans les concepts et les méthodes de la taxonomie évolutive. Cette révolution est basée sur l’utilisation des gènes ribosomiques pour caractériser les taxons. Notre laboratoire y contribue en développant des techniques d’extraction d’ADN de milieux complexes, d’identification de microorganismes par comparaison de séquences, d’utilisation du sol comme réservoir de diversité génique.
Les gènes ribosomiques sont les plus utilisés pour l’identification et le suivi des microorganismes. Il existe actuellement dans les bases de données plus de 50.000 séquences différentes. L’étude de ce seul locus pour décrire la diversité microbienne présente cependant de sérieuses limites et nous travaillons dans le cadre de la “génopole lyonnaise” à développer des approches ciblant l’ensemble du génome. Cette nouvelle vision intégrant la phylogénie imprègne maintenant une grande partie de l’unité et constitue un axe transversal fort.
Ce premier axe transversal comprend aussi une composante de quantification de la biodiversité, et d’interrogation sur l’échelle pertinente pour son étude. C’est dans cette optique qu’il faut situer notre participation au programme "Dynamique de la biodiversité et environnement" du programme interdisciplinaire "Environnement, Vie et Sociétés" du CNRS.
