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Accueil > Présentation > Thèmes transversaux > Génomique de l’adaptation et écologie évolutive
Génomique de l’adaptation et écologie évolutive
Génomique comparative et fonctionnelle dans un contexte d’adaptation des populations microbiennes à leur environnement.
1. Génomique comparative
- Cores génomes et classification
- Génomes accessoires / RGP, IS, Tn, intégrons, plasmides, bactériophages
2. Génomique fonctionnelle
- Dynamique des transcriptomes et protéomes selon les forçages
- Incidence des changements de structure (IS, RGP) sur l’adaptation
- Relation états physiologiques – activités métaboliques
- Métabolomiques
Outils & Méthodes :
- Bioinformatiques (i-bio)
- Assemblage
- Annotation
- Phylogénomique
écologie inverse / génétique microbienne (lien axe 1) (PARMIC)
transcriptomique / protéomique / métabolomique (PGE, CESN)
méta-génomique versus approches « single cell »
Enjeux :
- émergence d’espèces, clones dominants, virulents/épidémiques
- échelles de la population / sous-ensembles fonctionnelles & homéostasie
- Paramètres physico-chimiques, incidence des toxiques
- Inter-populations / antagonismes & coopérations
Contact : B. Cournoyer & D. Muller
