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Accueil > Présentation > Thèmes transversaux > Génomique de l’adaptation et écologie évolutive

Génomique de l’adaptation et écologie évolutive

Génomique comparative et fonctionnelle dans un contexte d’adaptation des populations microbiennes à leur environnement.

1. Génomique comparative

  • Cores génomes et classification
  • Génomes accessoires / RGP, IS, Tn, intégrons, plasmides, bactériophages

2. Génomique fonctionnelle

  • Dynamique des transcriptomes et protéomes selon les forçages
  • Incidence des changements de structure (IS, RGP) sur l’adaptation
  • Relation états physiologiques – activités métaboliques
  • Métabolomiques

Outils & Méthodes :

  • Bioinformatiques (i-bio)
    • Assemblage
    • Annotation
    • Phylogénomique

écologie inverse / génétique microbienne (lien axe 1) (PARMIC)
transcriptomique / protéomique / métabolomique (PGE, CESN)
méta-génomique versus approches « single cell »

Enjeux :

  • émergence d’espèces, clones dominants, virulents/épidémiques
  • échelles de la population / sous-ensembles fonctionnelles & homéostasie
    • Paramètres physico-chimiques, incidence des toxiques
    • Inter-populations / antagonismes & coopérations

Contact : B. Cournoyer & D. Muller