Les microorganismes sont les plus anciens organismes sur la terre, les plus abondants et (pour certaines espèces au moins) les plus facilement manipulables. Ils sont omniprésents dans le monde qui nous entoure, et si un hiver nucléaire ou un événement naturel qui anéantirait une grande partie des êtres vivants, ils seraient probablement parmi les organismes les mieux armés pour redémarrer un processus évolutif.

Aujourd’hui, une partie de notre vie est conditionnée non seulement par les microorganismes pathogènes de l’homme, des animaux et des végétaux, mais aussi par les bactéries et les champignons saprophytes ou symbiotiques dont l’activité améliore, voire permet, la croissance des plantes, le recyclage de la matière organique, la destruction et le recyclage des déchets et des polluants ... sans oublier ceux utilisés pour la production de métabolites importants et pour les transformations agro-alimentaires.

Les grandes questions théoriques auxquelles nous essayons de répondre concernent l’identité des déterminants bactériens et fongiques permettant les interactions avec les plantes, la redondance des taxons pour une fonction donnée, les flux de gènes en milieu complexe ainsi que la prédiction des flux d’azote dans le sol. Ces questions sont partagées avec les autres grands laboratoires d’écologie microbienne. Cependant, la conjonction d’une approche mécaniste et d’une approche écologique permettant à la fois de caractériser les populations naturelles ainsi que leur niveau d’expression in situ d’une fonction donnée est encore peu répandue et constitue une force du laboratoire. Elle permettra de donner dans un futur proche tout son sens à l’étude de la "biodiversité microbienne".