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Les maladies infectieuses connaissent une recrudescence par l’émergence de pathogènes jusqu’alors inconnus et la réapparition de pathologies que l’on croyait sous contrôle. Les mesures de prophylaxie sanitaire permettant de lutter contre les agents étiologiques, en particulier viraux, responsables d’épidémie et d’épizootie ont montré leur limite pour empêcher la dissémination dans les zones endémiques et d’épidémie récente, en partie due aux résistances aussi bien des germes que des vecteurs vis-à-vis des biocides. La résurgence des maladies infectieuses soulève des questions de la persistance et de la prévalence de pathogènes dans les dépositoires et réservoirs naturels (sols, eaux, végétaux, animaux) et des conditions d’émergence qui restent mal connues en général, et qu’il est nécessaire d’aborder pour élaborer des stratégies de lutte adaptées et efficaces. C’est dans cette perspective que l’équipe émergente se propose de réaliser des recherches sur la dynamique des interactions multipartites entre les virus émergents, les communautés microbiennes, et les réservoirs dans les milieux naturels et anthropisés. L’approche systémique qui sera menée doit aboutir à une vision plus complète des acteurs et phénomènes associés dans la circulation virale, et à terme de mettre en place des plans de surveillance, d’alerte et de contrôle dans la lutte contre les vecteurs et viroses qui affectent la santé de l’homme et des animaux. Nos deux axes majeurs de recherches sont centrés autour de l’écologie des virus (ré)-émergents (chikungunya, dengue, influenza) en relation avec les activités microbiennes dans les réservoirs/vecteurs et les facteurs environnementaux potentiellement impliqués dans les évolutions épidémiologiques des maladies infectieuses virales.

axes de recherche :

Axe 1 - Persistance et prévalence des virus influenza et maintien du pouvoir infectieux dans l’environnement.
Les travaux et données récents indiquent que les oiseaux sauvages sont des réservoirs naturels des virus influenza. On peut aussi envisager que les zones de résidence de ces animaux génèrent des réservoirs « secondaires » tant au niveau du sol que des sédiments ou encore des animaux aquatiques dont ils se nourrissent. Cet axe est dédié à l’évaluation du rôle du compartiment sol comme « dépositoire ou réservoir » potentiel des virus influenza A aviaires en prenant en compte les facteurs biotiques et abiotiques d’émergence qui ont été négligés jusqu’à présent. Il s’agit (1) de rechercher le virus influenza H5N1 hautement pathogène dans les sols et étangs de résidence ou de migration des oiseaux ansériformes réservoirs primaires dans les régions d’émergence (Thaïlande, France), (2) d’évaluer l‘existence ou non de réservoirs biotiques secondaires (gastéropodes, bivalves, larves d’insectes) des virus, (3) d’utiliser des modèles faiblement pathogènes (IAHP A H5N2) ou des mutants non réplicatifs (IAHP A H5N1) pour analyser in vitro les conditions de persistance du virus avec prise en compte des interactions virus-sol-matière organique, (4) d’évaluer les propriétés virucidales ou protectrices des microorganismes indigènes du sol.

Axe 2 - Interactions cellulaires et moléculaires entre arbovirus, communautés microbiennes et vecteurs.
Ces dernières années des épidémies à arboviroses sévissent tant dans les régions endémiques des vecteurs que dans les régions géographiques nouvelles. Face à l’ampleur des épidémies et à l’absence de vaccin, les risques écologiques de l’utilisation massive des insecticides sont largement ignorés, et les vecteurs développent de plus en plus des résistances vis-à-vis des produits utilisés. Dans ce contexte, en complément des agents chimiques et génétiques, l’exploitation comme biopesticides des communautés microbiennes, comme les bactéries du genre Wolbachia, capables d’affecter la reproduction et le développement des arthropodes est une stratégie qui est mise en avant pour la lutte anti-vectorielle. Cet axe vise à déterminer l’impact des interactions entre les arbovirus (Chikungunya, Dengue), les communautés microbiennes et les moustiques vecteurs, en particulier Aedes albopictus et Aedes aegypti, sur la transmission virale. Il s’agit (1) d’analyser la prévalence des populations virales et des communautés microbiennes symbiotiques et parasites chez les vecteurs dans les zones d’endémie et d’émergence, (2) de caractériser les interactions cellulaires et moléculaires possibles entre les virus et les communautés microbiennes in cellula et in insecta, (3) d’évaluer l’influence du compartiment microbien sur la dynamique vectorielle et la circulation virale.

publications 2003-2006 (Mise à jour Juin 2006) :

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Reis V. M., Estrada-de los Santos P., Tenorio-Salgado S., Vogel J., Stoffels M., Guyon S., Mavingui P., Baldani V.L.D., Schmid M., Baldani J.I., Döbereiner J., Balandreau J., Hartmann A., Caballero-Mellado J. 2004. Burkholderia tropica sp nov. : a new nitrogen-fixing, plant-associated bacterial species in the genus Burkholderia . International J. Sys. Evol. Microbiol. 54 :2155-2162.

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