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#6 - Bacteries Pathogenes Opportunistes et Environnement
Membres :
| Cournoyer Benoit | - | Directeur de Recherche, DR |
| Nazaret Sylvie | - | Chargé de Recherche, CR |
| Blaha didier | - | Maître de Conférences , MCF |
| Boiron Patrick | - | Professeur, PR |
| Dijoux-França Marie-Geneviève | - | Professeur, PR |
| Doleans-Jordheim Anne | - | Maître de Conférences , MCF |
| Favre-Bonté Sabine | - | Maître de Conférences , MCF |
| Freney Jean | - | Professeur, PR |
| Richard Yves | - | Professeur, PR |
| Rodríguez-Nava Verónica | - | Maître de Conférences , MCF |
| Bergeron Emmanuelle | - | Ingénieur d’Etude, IE |
| Borges Evelyne | - | technicienne, TCS |
| Brothier Elisabeth | - | Ingénieur d’Etude, IE |
| Charbon Annick | - | Agent des Services Techniques, AST |
| Darbour Nicole | - | Ingénieur d’Etude, IE |
| Fellahi Kadour | - | Agent des Services Techniques, AST |
| Maurin Françoise | - | technicienne, TC |
| Monnez Claire | - | Assistant Ingénieur, AI |
| Robert-Mouniée Delphine | - | Adjoint Technique, AJT |
| Colinon Céline | - | Post-Doc |
| Neto Manuelle | - | Post-Doc |
| Alliot Nolwenn | - | Doctorant |
| Deredjian Amélie | - | Doctorant |
| Petit Stéphanie | - | Doctorant |
| Zoropogui Anthony | - | Doctorant |
| Ebersbach Ina | - | Master 2 |
Presentation :
Le bilan des études sur les agents responsables des infections nosocomiales ou opportunistes chez des individus immunodéprimés (cancer, SIDA, transplantés, etc..), des patients ayant subi une antibiothérapie sévère, des soins invasifs (prothèse, intubation, sonde, cathéter), etc… montre une méconnaissance importante des activités microbiennes favorisant le développement de ces bactéries hors patients. Il y a, bien entendu, plusieurs démonstrations d’une infection de patients fragilisés par des souches hospitalières de ces germes opportunistes, par exemple, retrouvées dans les siphons des éviers, dans les baignoires, ou par des souches dites environnementales, partageant des empreintes génétiques identiques à des souches cliniques, mais ces études font peu état des conditions de croissance des bactéries sur les différents supports d’origine, qu’ils soient environnementaux ou hospitaliers, et des effets de certaines activités dont l’utilisation de détergents sur l’installation, le développement et l’évolution de ces populations bactériennes. De plus, les isolats environnementaux (non-hospitaliers) sont majoritairement obtenus de façon aléatoire, et décrits succinctement. Les environnements d’origine font l’objet de peu d’analyses et leurs niveaux d’anthropisation sont rarement référencés. L’anthropisation est une variable pouvant, pourtant, modifier considérablement l’interprétation des résultats. Des isolats obtenus d’une région non- ou peu anthropisée pourraient révéler une diversité cachée de ces pathogènes. Par contre, un isolat obtenu d’un milieu anthropisé pourrait avoir été introduit dans l’environnement par un patient infecté, biaisant l’appréciation de la diversité au sein de ces taxons. De plus, il y a peu, voire aucune, information sur les effectifs, la localisation, la structure génétique des populations de ces pathogènes dans l’environnement et leur contribution au fonctionnement écologique des niches pouvant les abriter. Ce manque d’informations rend difficile toutes appréciations des effets des activités humaines, et les perturbations qu’elles peuvent engendrer, sur les populations de ces pathogènes opportunistes dans l’environnement. La littérature suggère que la pollution pourrait favoriser le développement de certaines de ces populations de pathogènes et sélectionner des variants génétiques pouvant s’adapter à la niche « humaine » ou « hospitalière ». La possibilité que cette pression sélective puisse favoriser l’émergence d’agents infectieux plus virulents ou avec de nouvelles spécificités a même été avancée.
Un autre aspect insuffisamment exploré, concernant les pathogènes opportunistes mais également les pathogènes de façon générale, est celui de l’effet de leurs introductions, par l’intermédiaire de différents vecteurs dont les expectorations et les déchets fécaux, dans l’environnement et les risques, en termes de santé publique, qui pourraient en découler. Nous avons très peu d’informations sur la tolérance ou la résistance des microflores naturelles à une introduction massive de tels germes. Nous n’avons aucune information sur l’impact de ces bactéries sur les microflores indigènes, et les effets sur le fonctionnement de certains écosystèmes.
Notre groupe de recherche a donc pour objectif de répondre à ces différentes interrogations et d’apporter des éléments de compréhension au succès écologique des pathogènes opportunistes bactériens tant au niveau hospitalier qu’environnemental (hors-hospitaux). Nos activités se focalisent sur deux grands thèmes : (1) l’écologie de ces organismes en milieu naturel, et (2) les processus d’adaptation aux changements de niche dont le passage de l’environnement vers des sujets fragilisés. Notre groupe est pluridisciplinaire, nos effectifs sont à 50% des sciences médicales (Faculté de Pharmacie, UCBL) et 50% des sciences environnementales (section 30, CNRS).
Axes de recherche :
• l’identification et la caractérisation d’environnements (aquatiques et terrestres, selon un gradient d’anthropisation) favorables au maintien et à la dissémination de populations d’agents bactériens opportunistes
• la caractérisation des lignées et de la structure génétique des populations de ces pathogènes opportunistes au sein des environnements identifiés et l’étude de leur proximité avec les lignées retrouvées dans le milieu médical
• l’identification et la compréhension des mécanismes et activités qui ont fait de ces bactéries telluriques des agents efficaces pour la colonisation des environnements identifiés
• une estimation de la dangerosité de ces isolats et de leur potentiel pour la colonisation d’hôtes eucaryotes
• l’identification et la compréhension des mécanismes permettant une adaptation de ces bactéries lors de changements de niche et de perturbations (dérivés du pétrole, changement de niche, etc) dont certaines pratiques culturales, l’impact d’une introduction des populations de ces pathogènes sur les environnements naturels.
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