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Accueil > Equipes de Recherche > Diversité fonctionnelle microbienne et Cycle de l’Azote

Diversité fonctionnelle microbienne et cycle de l’azote

Responsables : LE ROUX Xavier & POMMIER Thomas

Equipe :

Personnels permanents

CANTAREL Amelie Maître de Conférences, UCB
COMBOURIEU Bruno Professeur, UCB
CZARNES Sonia Maître de Conférences, UCB
FLORIO Alessandro Chargé de Recherche, INRA
HAICHAR Feth el zahar Maître de Conférences, UCB
Xavier LE ROUX Directeur de Recherche, INRA
Thomas POMMIER Chargé de Recherche, INRA
Agnès RICHAUME-JOLION Professeur, UCB
GERVAIX Jonathan Technicien de Recherche, UCB
LERONDELLE Catherine Ingenieur d’Etudes, INRA

Personnels non permanents hors M1 et stages courts

Lise ALONSO Thèse DRAC, (2014-2017)
Féline ASSEMIEN Thèse co-tutelle RCI, (2013-2016)
Julien GUYONNET Thèse E2M2 (2013-2016)
Huong LE THI Thèse projet ANR, (2015-2018)
Marie SIMONIN Thèse, Région Rhône Alpes, (2012-2015)
Solène LECONTE Master 2R, (2015-2016)
Tania TRASANTE Master 2P, (2015-2016)

 

Thèmes de recherche (mise à jour Mai 2015)

 

Les micro-organismes sont en grande partie responsables des flux de matière et d’énergie dans la biosphère et sont des acteurs importants du fonctionnement et de la dynamique des écosystèmes. Nous centrons nos recherches sur 2 groupes fonctionnels bactériens impliqués dans le cycle de l’azote (nitrifiants, dénitrifiants) et dans une moindre mesure sur les minéralisateurs et les fixateurs libres d’azote. Ces groupes fonctionnels sont responsables de processus complémentaires qui constituent des étapes clés du cycle de l’azote. Le groupe des nitrifiants, responsables de l’oxydation de l’azote ammoniacal et/ou nitreux) et le groupe des dénitrifiants, responsables de la réduction des formes oxydées de l’azote, sont connectés sur le plan fonctionnel au niveau du nitrite et/ou du nitrate. Nitrification, dénitrification et fixation participent conjointement et en lien avec la minéralisation au contrôle des échanges d’azote entre la biosphère et l’atmosphère et à l’équilibre entre les principales formes d’azote minéral assimilables par les plantes (ammonium et nitrate). Nitrification et dénitrification sont impliquées dans les pertes d’azote du système sol, dans le contrôle de la charge nitrique des eaux de surface ou phréatiques, ainsi que dans l’émission de gaz traces polluants (oxydes d’azote).

 

Nos thématiques de recherche s’organisent schématiquement en quatre grands axes :

  • Un aspect important du travail de notre équipe est l’étude des mécanismes de régulation de l’intensité des fonctions assurées par des microorganismes modèles ou des groupes fonctionnels de microorganismes modèles, en prenant en compte les différents niveaux de régulation possible, à savoir l’effectif, la diversité et la fonctionnalité de ces organismes. Un enjeu important est ici d’élucider les modalités de l’expression de gènes codant des enzymes clés (nitrate réductase, nitrite oxido-réductase…) au laboratoire et en conditions naturelles. Ceci permet de préciser le déterminisme de la niche de ces organismes et leur distribution dans l’espace.
  • Un second aspect clé de notre travail est d’analyser les relations diversité-fonctionnement chez ces groupes microbiens, et plus précisément d’évaluer le rôle de la diversité taxonomique et fonctionnelle, en interactions avec les conditions environnementales, sur la réalisation de la fonction assurée par ces groupes microbiens modèles. La notion de complémentarité fonctionnelle entre microorganismes possédant des niches différentes est particulièrement utilisée pour mieux comprendre les relations diversité-fonctionnement.
  • Un troisième aspect important du travail de notre équipe consiste à évaluer l’effet de la diversité végétale, et notamment de la diversité fonctionnelle des plantes, sur la diversité et le fonctionnement des groupes nitrifiants et dénitrifiants. Ceci prend en compte différents types de mécanismes possibles, allant d’impacts directs des plantes sur les communautés microbiennes (exsudation de composés spécifiques ayant un rôle trophique voire signalétique) à des impacts indirects sur des variables environnementales influençant les groupes microbiens.
  • Enfin, un quatrième aspect clé de notre travail est l’étude des effets de différents facteurs des changements globaux (changements climatiques et/ou modifications des modes d’usage des terres) et l’écologie du stress (événements extrêmes, polluants) sur l’activité, l’effectif et la diversité de groupes fonctionnels modèles, en s’intéressant à leur rôle dans le fonctionnement des écosystèmes.

Pour atteindre ces objectifs, notre équipe dispose d’outils standards et d’outils novateurs permettant de caractériser l’effectif (PCR quantitative, cytométrie de flux), la diversité (métagénomique et séquençage à haut débit ciblant notamment des gènes spécifiques de groupes fonctionnels…), les pools enzymatiques clés (sérologie) et l’activité (mesure par chromatographie en phase gazeuse, mesure de flux bruts d’azote par dilution isotopique 15N) des groupes nitrifiant, dénitrifiant et fixateur ainsi que de la communauté bactérienne dans son ensemble. A noter que notre équipe a mis au point pour la première fois un outil pour caractériser la diversité de la communauté nitratante de type Nitrobacter dans des échantillons environnementaux par ciblage du gène nxrA. Afin de caractériser les mécanismes régulant la dénitrification et la nitrification, notre équipe utilise des méthodes de génétique bactérienne (fusion transcriptionnelle et traductionnelle, construction de mutants, mesure d’activité ß-galactosidase…). Notre équipe utilise aussi de façon croissante des méthodes analytiques permettant de caractériser la diversité des substances naturelles dans la rhizosphère et le sol, ainsi que le métabolome bactérien. Enfin, pour aborder les approches à haut débit de la biologie moderne, nous employons régulièrement les méthodes de robotique disponible au laboratoire.


Projets de recherche en cours (mise à jour aout 2012)

Axis # 1 : Genetic and physiological regulations driving the functioning of denitrifiers and nitrifiers

  • Regulation of the activity of denitrifiers by environmental conditions, and the role of small RNA (Master 2R : Desislava Jivkova) ; Supervisor : F.Z. Haichar ; coll. CEA Cadarache.
  • Characterization of the use of different carbon sources by soil denitrifiers using stable isotope probing ; Supervisors : F. Poly & F.Z. Haichar ; coll. CEMAGREF Antony.
  • Ecophysiological traits of nitrite oxidizers in disturbed and undisturbed soils ; Supervisor : Le Roux X., F. Poly & F.Z. Haichar.

Axis # 2 : Diversity-functioning-stability relationships in the bacterial world

  • Importance of taxonomic versus functional diversity for the functioning of denitrifying community ; Supervisors : F. Poly & X. Le Roux ; coll. University of Groningen (Netherlands)
  • Effect of richness, equitability and functional complementarity for the functioning of microbial communities and their response to disturbances ; Supervisors : T. Pommier & X. Le Roux.
  • Importance of stoichiometry rules for the functioning of bacterial communities ; Supervisors : T. Pommier & F. Poly ; coll. ISEM Montpellier, ECOSYM Montpellier.
  • Importance of soil microbial diversity for the persistence and location of inoculated bacteria in soil. Supervisors : F. Poly & X. Le Roux ; coll. LEM Eq. 3, University of Groningen (Netherlands)
  • Can inoculation of cereal seeds by a natural strain of Azospirillum adequately influence the diversity and functioning of soil microbial communities to improve the sustainability and resilience of agriculture ? Supervisors : X. Le Roux & F. Poly ; coll. LEM Eq. 3, INRA Avignon, AgroParitech, Univ. Lyon3.
  • Relationships between microbial diversity, functioning and stability in gas biofilters. Supervisors : A. Richaume-Jolion - F. Poly & X. Le Roux ; coll. Ecoles des Mines d’Alès, VEOLIA, Canevaflor.

Axis # 3 : Effect of plant diversity on the diversity and functioning of microbial communities

  • How does plant diversity influence the functioning and diversity of soil microbial communities ? Supervisors : X. Le Roux, F. Poly, S Michalet & T. Pommier ; coll. Univ. Jena (Germany), Max Planck Inst. Jena (Germany), INRA Dijon
  • Coupled responses of plant- and soil microbial- functional groups to grassland management. Supervisors : F. Poly & T. Pommier ; coll. LECA Grenoble, Univ. of Insbruk (Austria), Univ. Lancaster (UK), INRA Caen, Univ. GMBH Neuherberg (Germany).
  • Influence of tropical tree species on soil natural substances and microbial communities in the French Guyana. Supervisors : S Michalet, F. Poly & B. Combourieu ; coll. INRA Kourou.
  • Importance of rhizospheric microbial communities for the invasive success of different Fallopia genotypes. Supervisors : F. Poly & F.Z. Haichar ; coll. LEHNA Lyon.

Axis # 4 : Impact of global change factors and stressors and their interactions on soil microbial communities

  • How do components of climate change (CO2, temperature, precipitation and N deposition) and their interactions impact soil nitrifiers and denitrifiers in grasslands ? ; Supervisors : X. Le Roux, F. Poly & T. Pommier ; coll. AgroParitech, Carnegie Inst. Stanford (USA), Arizona Univ. (USA)
  • Impact of extreme climatic events on soil microbial communities in grassland ecosystems ; Supervisor : F. Poly & X. Le Roux ; coll. INRA Clermont Ferrand, LECA Grenoble, INRA Montpellier.
  • Characterisation of resilience capacity and tipping points in coupled soil/plant systems : a case study in mountain grasslands facing climate and land use changes ; Supervisor : F. Poly & T. Pommier ; LECA Grenoble, Univ. of Insbruk, and Vienne Univ. of Res. and Life Sci. (Austria), Nor. Univ. of Sci. Tech., Trondheim (Norway), Max Planck Inst. Jena (Germany) & Cat. Univ. of Louvain (Belgium).
  • Environmental and biogeographical factors driving the distribution of terrestrial and aquatic microbial taxonomic and functional groups ; Supervisor : T. Pommier ; coll. DRI Reno (USA).
  • Soil microbial communities and associated N and C dynamics facing changes in land use in semi-natural grasslands and temporary grassland/cropping systems ; Supervisors : X. Le Roux & F. Poly ; coll. INRA Lusignan, INRA Clermont Ferrand, INRA Laon, LSCE (Saclay).
  • Precipitation regime and the coupling between water transfer, soil organic matter quality and microbial communities at the catchment scale. Supervisor : T. Pommier ; coll. Univ. Paris6.
  • Effects of nanoparticules on soil microbial communities and associated N cycling ; Supervisors : A. Richaume-Jolion ; coll. Rovaltain, LTHE Grenoble.

 

De plus, des membres de l’équipe ont un rôle clé dans 3 grands projets de recherche et de formation d’envergure régionale, nationale et internationale :

  • Le pilotage scientifique du pôle d’écotoxicologie et d’écologie du stress de Rovaltain est assuré par B. Combourieu.
  • L’institut ‘Génie de l’Environnement et Ecodéveloppement’ (IG2E) est dirigé par A. Richaume-Jolion (http://ig2e.univ-lyon1.fr/).
  • Le projet européen ‘ERAnet BiodivERsA’ financé dans le cadre du FP7 est coordonné par X. Le Roux (www.biodiversa.org).

 

Publications

2018



  • Bounaffaa, M., Florio, A., Le Roux, X., Jayet, P.-A., 2018. Economic and Environmental Analysis of Maize Inoculation by Plant Growth Promoting Rhizobacteria in the French Rhône-Alpes Region. Ecological Economics 146, 334-346. https://doi.org/10.1016/j.ecolecon.2017.11.009


  • Leloup, J., Baude, M., Nunan, N., Meriguet, J., Dajoz, I., Le Roux, X., Raynaud, X., 2018. Unravelling the effects of plant species diversity and aboveground litter input on soil bacterial communities. Geoderma 317, 1-7. https://doi.org/10.1016/j.geoderma.2017.12.018


  • Mallon, C.A., Roux, X., Doorn, G.S., Dini-Andreote, F., Poly, F., Salles, J.F., 2018. The impact of failure: unsuccessful bacterial invasions steer the soil microbial community away from the invader’s niche. The ISME Journal 1. https://doi.org/10.1038/s41396-017-0003-y


  • Pommier, T., Cantarel, A.A.M., Grigulis, K., Lavorel, S., Legay, N., Baxendale, C., Bardgett, R.D., Bahn, M., Poly, F., Clément, J.-C., 2018. The added value of including key microbial traits to determine nitrogen-related ecosystem services in managed grasslands. Journal of Applied Ecology 55, 49-58. https://doi.org/10.1111/1365-2664.13010


  • Srikanthasamy, T., Leloup, J., N'Dri, A.B., Barot, S., Gervaix, J., Koné, A.W., Koffi, K.F., Le Roux, X., Raynaud, X., Lata, J.-C., 2018. Contrasting effects of grasses and trees on microbial N-cycling in an African humid savanna. Soil Biology and Biochemistry 117, 153-163. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2017.11.016


  • Sutherland, W.J., Butchart, S.H.M., Connor, B., Culshaw, C., Dicks, L.V., Dinsdale, J., Doran, H., Entwistle, A.C., Fleishman, E., Gibbons, D.W., Jiang, Z., Keim, B., Roux, X.L., Lickorish, F.A., Markillie, P., Monk, K.A., Mortimer, D., Pearce-Higgins, J.W., Peck, L.S., Pretty, J., Seymour, C.L., Spalding, M.D., Tonneijck, F.H., Gleave, R.A., 2018. A 2018 Horizon Scan of Emerging Issues for Global Conservation and Biological Diversity. Trends in Ecology & Evolution 33, 47-58. https://doi.org/10.1016/j.tree.2017.11.006

2017



  • Assémien, F.L., Pommier, T., Gonnety, J.T., Gervaix, J., Le Roux, X., 2017. Adaptation of soil nitrifiers to very low nitrogen level jeopardizes the efficiency of chemical fertilization in west african moist savannas. Scientific Reports 7. https://doi.org/10.1038/s41598-017-10185-5


  • Bardon, C., Poly, F., Haichar, F.Z., Le Roux, X., Simon, L., Meiffren, G., Comte, G., Rouifed, S., Piola, F., 2017. Biological denitrification inhibition (BDI) with procyanidins induces modification of root traits, growth and N status in Fallopia x bohemica. Soil Biology and Biochemistry 107, 41-49. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2016.12.009


  • Barot, S., Allard, V., Cantarel, A., Enjalbert, J., Gauffreteau, A., Goldringer, I., Lata, J.-C., Le Roux, X., Niboyet, A., Porcher, E., 2017. Designing mixtures of varieties for multifunctional agriculture with the help of ecology. A review. Agronomy for Sustainable Development 37, 13. https://doi.org/10.1007/s13593-017-0418-x


  • Blondel, C., Briset, L., Legay, N., Arnoldi, C., Poly, F., Clément, J.-C., Raveton, M., 2017. Assessing the dynamic changes of rhizosphere functionality of Zea mays plants grown in organochlorine contaminated soils. Journal of Hazardous Materials 331, 226-234. https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2017.02.056


  • El Moujahid, L., Le Roux, X., Michalet, S., Bellvert, F., Weigelt, A., Poly, F., 2017. Effect of plant diversity on the diversity of soil organic compounds. PLOS ONE 12, e0170494. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0170494


  • Florio, A., Pommier, T., Gervaix, J., Bérard, A., Le Roux, X., 2017. Soil C and N statuses determine the effect of maize inoculation by plant growth-promoting rhizobacteria on nitrifying and denitrifying communities. Scientific Reports 7. https://doi.org/10.1038/s41598-017-08589-4


  • Guyonnet, J.P., Vautrin, F., Meiffren, G., Labois, C., Cantarel, A.A.M., Michalet, S., Comte, G., Haichar, F.Z., 2017. The effects of plant nutritional strategy on soil microbial denitrification activity through rhizosphere primary metabolites. FEMS Microbiology Ecology 93. https://doi.org/10.1093/femsec/fix022


  • Jurburg, S.D., Nunes, I., Stegen, J.C., Le Roux, X., Priemé, A., Sørensen, S.J., Salles, J.F., 2017. Autogenic succession and deterministic recovery following disturbance in soil bacterial communities. Scientific Reports 7. https://doi.org/10.1038/srep45691


  • Legay, N., Piton, G., Arnoldi, C., Bernard, L., Binet, M.-N., Mouhamadou, B., Pommier, T., Lavorel, S., Foulquier, A., Clément, J.-C., 2017. Soil legacy effects of climatic stress, management and plant functional composition on microbial communities influence the response of Lolium perenne to a new drought event. Plant and Soil 1-22. https://doi.org/10.1007/s11104-017-3403-x


  • López-Lozano, N.E., Pereira e Silva, M.C., Poly, F., Guillaumaud, N., Van Elsas, J.D., Salles, J.F., 2017. Denitrifying bacterial communities display different temporal fluctuation patterns across Dutch agricultural soils. Antonie van Leeuwenhoek 1-13. https://doi.org/10.1007/s10482-017-0898-3


  • Rozier, C., Hamzaoui, J., Lemoine, D., Czarnes, S., Legendre, L., 2017. Field-based assessment of the mechanism of maize yield enhancement by Azospirillum lipoferum CRT1. Scientific reports 7, 7416. https://doi.org/10.1038/s41598-017-07929-8


  • Salles, J.F., Pereira e Silva, M.C., Dini-Andreote, F., Dias, A.C.F., Guillaumaud, N., Poly, F., Van Elsas, J.D., 2017. Successional patterns of key genes and processes involved in the microbial nitrogen cycle in a salt marsh chronosequence. Biogeochemistry 1-17. https://doi.org/10.1007/s10533-017-0296-y


  • Schwob, G., Roy, M., Manzi, S., Pommier, T., Fernandez, Mp., 2017. Green alder (Alnus viridis) encroachment shapes microbial communities in subalpine soils and impacts its bacterial or fungal symbionts differently. Environmental Microbiology n/a-n/a. https://doi.org/10.1111/1462-2920.13818


  • Simonin, M., Martins, J.M.F., Le Roux, X., Uzu, G., Calas, A., Richaume, A., 2017. Toxicity of TiO2 nanoparticles on soil nitrification at environmentally relevant concentrations: Lack of classical dose–response relationships. Nanotoxicology 1-9. https://doi.org/10.1080/17435390.2017.1290845


  • Weisser, W.W., Roscher, C., Meyer, S., Ebeling, A., Luo, G., Allan, E., Beßler, H., Barnard, R., Buchmann, N., Buscot, F., Engels, C., Fischer, C., Fischer, M., Gessler, A., Gleixner, G., Halle, S., Hildebrandt, A., Hillebrand, H., de Kroon, H., Lange, M., Leimer, S., Le Roux, X., Milcu, A., Mommer, L., Niklaus, P., Oelmann, Y., Proulx, R., Roy, J., Scherber, C., Scherer-Lorenzen, M., Scheu, S., Tscharntke, T., Wachendorf, M., Wagg, C., Weigelt, A., Wilcke, W., Wirth, C., Schulze, E.-D., Schmid, B., Eisenhauer, N., 2017. Biodiversity effects on ecosystem functioning in a 15-year grassland experiment: patterns, mechanisms, and open questions. Basic and Applied Ecology, Biodiversity effects on ecosystem functioning: the Jena Experiment 23, 1-73. https://doi.org/10.1016/j.baae.2017.06.002

2016



  • Attard, E., Le Roux, X., Charrier, X., Delfosse, O., Guillaumaud, N., Lemaire, G., Recous, S., 2016. Delayed and asymmetric responses of soil C pools and N fluxes to grassland/cropland conversions. Soil Biology and Biochemistry 97, 31-39. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2016.02.016


  • Bardon, C., Poly, F., Piola, F., Pancton, M., Comte, G., Meiffren, G., Haichar, F.Z., 2016. Mechanism of biological denitrification inhibition (BDI): procyanidins induce an allosteric transition of the membrane-bound NO3-reductase through membrane alteration. FEMS Microbiology Ecology 92, fiw034. https://doi.org/10.1093/femsec/fiw034
  • Carro, L., Pujic, P., Alloisio, N., Fournier, P., Boubakri, H., Poly, F., Rey, M., Heddi, A., Normand, P., 2016. Physiological effects of major up-regulated Alnus glutinosa peptides on Frankia sp. ACN14a. Microbiology 162, 1173–1184.


  • Dangles, O., Loirat, J., Freour, C., Serre, S., Vacher, J., Le Roux, X., 2016. Research on Biodiversity and Climate Change at a Distance: Collaboration Networks between Europe and Latin America and the Caribbean. PLOS ONE 11, e0157441. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0157441


  • Florio, A., Maienza, A., Dell’Abate, M.T., Stazi, S.R., Benedetti, A., 2016. Changes in the activity and abundance of the soil microbial community in response to the nitrification inhibitor 3,4-dimethylpyrazole phosphate (DMPP). Journal of Soils and Sediments 1-11. https://doi.org/10.1007/s11368-016-1471-9


  • Gignoux, J., Konaté, S., Lahoreau, G., Le Roux, X., Simioni, G., 2016. Allocation strategies of savanna and forest tree seedlings in response to fire and shading: outcomes of a field experiment. Scientific Reports 6, 38838. https://doi.org/10.1038/srep38838


  • Haichar, F.Z., Heulin, T., Guyonnet, J.P., Achouak, W., 2016. Stable isotope probing of carbon flow in the plant holobiont. Current Opinion in Biotechnology, Analytical Biotechnology 41, 9-13. https://doi.org/10.1016/j.copbio.2016.02.023


  • Le, H.T., Ho Tu, C., Trinh, Q.H., Trinh, D.A., Luu, M.T.N., Tran, H.S., Orange, D., Janeau, J.-L., Merroune, A., Rochelle-Newall, E.J., Pommier, T., 2016. Responses of aquatic bacteria to terrestrial runoff: effects on community structure and key taxonomic groups. Aquatic Microbiology 7, 889. https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00889


  • Legay, N., Lavorel, S., Baxendale, C., Krainer, U., Bahn, M., Binet, M.-N., Cantarel, A.A.M., Colace, M.-P., Foulquier, A., Kastl, E.-M., Grigulis, K., Mouhamadou, B., Poly, F., Pommier, T., Schloter, M., Clément, J.-C., Bardgett, R.D., 2016. Influence of plant traits, soil microbial properties, and abiotic parameters on nitrogen turnover of grassland ecosystems. Ecosphere 7, n/a-n/a. https://doi.org/10.1002/ecs2.1448


  • Ma, W., Jiang, S., Assemien, F., Qin, M., Ma, B., Xie, Z., Liu, Y., Feng, H., Du, G., Ma, X., Le Roux, X., 2016. Response of microbial functional groups involved in soil N cycle to N, P and NP fertilization in Tibetan alpine meadows. Soil Biology and Biochemistry 101, 195-206. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2016.07.023


  • Niklaus, P.A., Le Roux, X., Poly, F., Buchmann, N., Scherer-Lorenzen, M., Weigelt, A., Barnard, R.L., 2016. Plant species diversity affects soil–atmosphere fluxes of methane and nitrous oxide. Oecologia 1-12. https://doi.org/10.1007/s00442-016-3611-8

  • Rozier, C., Erban, A., Hamzaoui, J., Prigent-Combaret, C., Comte, G., Kopka, J., Czarnes, S., Legendre, L., 2016. Xylem Sap Metabolite Profile Changes During Phytostimulation of Maize by the Plant Growth-Promoting Rhizobacterium, Azospirillum lipoferum CRT1. Metabolomics (Los Angel) 6, 2153–0769.


  • Simonin, M., Martins, J.M.F., Uzu, G., Vince, E., Richaume, A., 2016. Combined Study of Titanium Dioxide Nanoparticle Transport and Toxicity on Microbial Nitrifying Communities under Single and Repeated Exposures in Soil Columns. Environmental Science & Technology 50, 10693-10699. https://doi.org/10.1021/acs.est.6b02415


  • Simonin, M., Richaume, A., Guyonnet, J.P., Dubost, A., Martins, J.M.F., Pommier, T., 2016. Titanium dioxide nanoparticles strongly impact soil microbial function by affecting archaeal nitrifiers. Scientific Reports 6, 33643. https://doi.org/10.1038/srep33643

2015



  • Bardon, C., Piola, F., Haichar, F.Z., Meiffren, G., Comte, G., Misery, B., Balby, M., Poly, F., 2015. Identification of B-type procyanidins in <i>Fallopia</i> spp. involved in biological denitrification inhibition (BDI): B-type procyanidins from Fallopia involved in BDI. Environmental Microbiology. https://doi.org/10.1111/1462-2920.13062


  • Barot, S., Abbadie, L., Couvet, D., Hobbs, R.J., Lavorel, S., Mace, G.M., Le Roux, X., 2015. Evolving away from the linear model of research: a response to Courchamp et al. Trends in Ecology & Evolution. https://doi.org/10.1016/j.tree.2015.05.005


  • Cabrol, L., Poly, F., Malhautier, L.C., Pommier, T., Lerondelle, C., Verstraete, W., Lepeuple, A.-S., Fanlo, J.-l., Le Roux, X., 2015. Management of microbial communities through transient disturbances enhances the functional resilience of nitrifying gas-biofilters to future disturbances. Environmental Science & Technology. https://doi.org/10.1021/acs.est.5b02740


  • Cantarel, A.A.M., Pommier, T., Desclos-Theveniau, M., Diquélou, S., Dumont, M., Grassein, F., Kastl, E.-M., Grigulis, K., Laîné, P., Lavorel, S., Lemauviel-Lavenant, S., Personeni, E., Schloter, M., Poly, F., 2015. Using plant traits to explain plant-microbe relationships involved in nitrogen acquisition. Ecology 96, 788-799. https://doi.org/10.1890/13-2107.1


  • Carro-Garcia, L., Pujic, P., Alloisio, N., Fournier, P., Boubakri, H., Hay, A.E., Poly, F., François, P., Hocher, V., Mergaert, P., Balmand, S., Rey, M., Heddi, A., Normand, P., 2015. Alnus peptides modify membrane porosity and induce the release of nitrogen-rich metabolites from nitrogen-fixing Frankia. The ISME Journal 9, 1723–1733. https://doi.org/10.1038/ismej.2014.257


  • Crouzet, O., Poly, F., Bonnemoy, F., Bru, D., Batisson, I., Bohatier, J., Philippot, L., Mallet, C., 2015. Functional and structural responses of soil N-cycling microbial communities to the herbicide mesotrione: a dose-effect microcosm approach. Environmental Science and Pollution Research 1-11. https://doi.org/10.1007/s11356-015-4797-8


  • Eggermont, H., Balian, E., Azevedo, J.M.N., Beumer, V., Brodin, T., Claudet, J., Fady, B., Grube, M., Keune, H., Lamarque, P., Reuter, K., Smith, M., van Ham, C., Weisser, W.W., Le Roux, X., 2015. Nature-based Solutions: New Influence for Environmental Management and Research in Europe. GAIA - Ecological Perspectives for Science and Society 24, 243-248. https://doi.org/10.14512/gaia.24.4.9

  • Faure, D., Bonin, P., Duran, R., Microbial Ecology EC2CO consortium, 2015. Environmental microbiology as a mosaic of explored ecosystems and issues. Environmental Science and Pollution Research International 22, 13577-13598. https://doi.org/10.1007/s11356-015-5164-5


  • Harfouche, L., Haichar, F.Z., Achouak, W., 2015. Small regulatory RNAs and the fine-tuning of plant–bacteria interactions. New Phytologist. https://doi.org/10.1111/nph.13195


  • Jusselme, M.D., Poly, F., Lebeau, T., Rouland-lefèvre, C., Miambi, E., 2015. Effects of earthworms on the fungal community and microbial activity in root-adhering soil of Lantana camara during phytoextraction of lead. Applied Soil Ecology 96, 151-158. https://doi.org/10.1016/j.apsoil.2015.07.011


  • Jusselme, M.D., Saccone, P., Zinger, L., Faure, M., Le Roux, X., Guillaumaud, N., Bernard, L., Clement, J.-C., Poly, F., 2015. Variations in snow depth modify N-related soil microbial abundances and functioning during winter in subalpine grassland. Soil Biology and Biochemistry. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2015.09.013


  • Legay, N., Grassein, F., Binet, M.N., Arnoldi, C., Personeni, E., Perigon, S., Poly, F., Pommier, T., Puissant, J., Clément, J.C., Lavorel, S., Mouhamadou, B., 2015. Plant species identities and fertilization influence on arbuscular mycorrhizal fungal colonisation and soil bacterial activities. Applied Soil Ecology. https://doi.org/10.1016/j.apsoil.2015.10.006

  • Simonin, M., Guyonnet, J.P., Martins, J.M.F., Ginot, M., Richaume, A., 2015. Influence of soil properties on the toxicity of TiO2 nanoparticles on carbon mineralization and bacterial abundance. Journal of Hazardous Materials 283, 529-535. https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2014.10.004


  • Simonin, M., Le Roux, X., Poly, F., Lerondelle, C., Hungate, B.A., Nunan, N., Niboyet, A., 2015. Coupling Between and Among Ammonia Oxidizers and Nitrite Oxidizers in Grassland Mesocosms Submitted to Elevated CO2 and Nitrogen Supply. Microbial Ecology 70, 809-818. https://doi.org/10.1007/s00248-015-0604-9


  • Simonin, M., Richaume, A., 2015. Impact of engineered nanoparticles on the activity, abundance, and diversity of soil microbial communities: a review. Environmental Science and Pollution Research 1-14. https://doi.org/10.1007/s11356-015-4171-x

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Livres (depuis 2006)

Chapitres de livre (depuis 2006)

2015



  • Bertrand, J.-C., Bonin, P., Caumette, P., Gattuso, J.-P., Grégori, G., Guyoneaud, R., Le Roux, X., Matheron, R., Poly, F., 2015. Biogeochemical Cycles, dans: Bertrand, J.-C., Caumette, P., Lebaron, P., Matheron, R., Normand, P., Sime-Ngando, T. (Éd.), Environmental Microbiology: Fundamentals And Applications. Springer Netherlands, p. 511-617.


  • Normand, P., Duran, R., Le Roux, X., Morris, C., Poggiale, J.-C., 2015. Biodiversity and Microbial Ecosystems Functioning, dans: Bertrand, J.-C., Caumette, P., Lebaron, P., Matheron, R., Normand, P., Sime-Ngando, T. (Éd.), Environmental Microbiology: Fundamentals And Applications. Springer Netherlands, p. 261-291.

2013


  • Achouak, W., Haichar, F.Z., 2013. Shaping of microbial community structure and function in the rhizosphere by four diverse plant species, dans: Molecular Microbial Ecology Of The Rhizosphere. Frans J. de Bruijn, published by Wiley/Blackwell, ISBN.

2012


  • Larigauderie, A., Le Roux, X., Gauthier, C.A., Leadley, P.W., 2012. Vers une gouvernance internationale liant science et société, dans: L'exigence De La Réconciliation: Biodiversité Et Société. Fayard.

2011


  • Bertrand, J.C., Bonin, P., Caumette, P., Gattuso, J.P., Grégori, G., Guyonneaud, R., Le Roux, X., Matteron, R., Poly, F., 2011. Les cycles biogéochimiques., dans: Ecologie Microbienne: Microbiologie Des Milieux Naturels Et Anthropisés. Publications de l'Université de Pau et des Pays de l'Adour, p. 545-657.

  • Normand, P., Duran, R., Le Roux, X., Morris, C.E., Poggiale, J.C., 2011. Biodiversite et fonctionnement des ecosystemes microbiens., dans: Ecologie Microbienne: Microbiologie Des Milieux Naturels Et Anthropisés. Publications de l'Université de Pau et des Pays de l'Adour, p. 263-296.

  • Le Roux, X., Recous, S., Attard, E., 2011. Soil microbial diversity in grasslands, and its importance for grassland functioning and services., dans: Grassland Productivity And Ecosystem Services. CABI, p. 158-165.

2010


  • Le Roux, X., 2010. Le sol : un gigantesque réservoir de biodiversité., dans: Aux Origines De L'environnement. Fayard, [Paris], p. 130-143.

  • Haichar, F.Z., Achouak, W., 2010. Application of stable isotope probing (DNA-SIP) in the identification of cellulolytic soil bacteria and fungi, dans: Cellulose Structure And Proprieties, Derivatives And Industrial Uses. Arnaud Lejeune & Thibaut Deprez, Nova Science Publishers, Inc, New York.

2009


  • Le Roux, X., 2009. Agriculture et biodiversité : quels grands enjeux pour demain ?, dans: Humanité Et Biodiversité Manifeste Pour Une Nouvelle Alliance. Descartes & Cie : Ligue ROC, Paris, p. 177-182.

Brevets

2015

  • Bardon, C., Poly, F., Piola, F., Haichar, F.Z., Comte, G., 2015. Utilisation de proanthocyanidines pour lutter contre la dénitrification. 1552258.

Rapports nationaux/internationaux et activités de vulgarisation

Rapports nationaux ou internationaux (depuis 2006) :

2011

  • Chaveriat, C., Ghitalla, F., Pelegrin, F., Fadil, F., Le Roux, X., 2011. La base de données nationale des acteurs, structures et projets de recherche sur la biodiversité : présentation et analyse du paysage de la recherche. Expertise et synthèse FRB.
  • Mattei, S., Henkel, L., Gauthier, C.A., Le Roux, X., 2011. Biodiversity within the ’Environment’ theme of the 7th framework programme (2007-2010) : funding amounts, success rates, temporal trends & comparison between countries. Expertise and synthesis, FRB.

Articles de vulgarisation (depuis 2006) :

2015

  • Le Roux, X., 2015. Les relations biodiversité et agriculture. Rustica.

2011

  • Le Roux, X., Gauthier, C.A., 2011. Gouvernance mondiale de la biodiversité: naissance de l'IPBES. Entreprises, relevez le défi de la biodiversité (Pays L. & Frémaux P. Ed) Victoires éditions 132-135.

2010

  • Le Roux, X., 2010. Agriculture en quête de nature. Campagnes et Environnement 16-18.

2009

  • Le Roux, X., 2009. Les liens entre agriculture et biodiversité auscultés par la communauté scientifique. revue des oenologues 1-2.

Films et autres médias (depuis 2006) :

Films :

2012


  • Dessine-moi un paysage bio; paysages et agricultures biologiques, 2012. Dessine-moi un paysage bio; paysages et agricultures biologiques. Ministère de l'Agriculture et Bergerie nationale.
  • Mémoires Rio+20: Biodiversité - histoire, 2012. Mémoires Rio+20: Biodiversité - histoire.

2010


  • La biodiversité, c'est aussi près de chez vous, 2010. La biodiversité, c'est aussi près de chez vous. Production Chromatiques / CAP CANAL.

2009


  • Résultats de l’expertise scientifique collective “Agriculture & biodiversité”, 2009. Résultats de l’expertise scientifique collective “Agriculture & biodiversité”.

Autres supports :

2016


  • Richaume, A., 2016. Écotoxicité et écodynamique des nanoparticules d’oxydes métalliques dans les sols.

2012

  • Poly, F., 2012. Interview sur les microorganismes du sol pour le journal Okapi.

2010

  • Le Roux, X., 2010. Interview sur la biodiversité dans le quotidien Libération.

2009

  • Le Roux, X., 2009. Interview sur le thème ‘Biodiversité’ dans le journal de midi de la radio Sud Radio.