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Accueil > Equipes de Recherche > Diversité fonctionnelle microbienne et Cycle de l’Azote

Diversité fonctionnelle microbienne et cycle de l’azote

Responsables : LE ROUX Xavier & POMMIER Thomas

Equipe :

Personnels permanents

CANTAREL Amelie Maître de Conférences, UCB
CZARNES Sonia Maître de Conférences, UCB
FLORIO Alessandro Chargé de Recherche, INRA
Xavier LE ROUX Directeur de Recherche, INRA
Thomas POMMIER Chargé de Recherche, INRA
Agnès RICHAUME-JOLION Professeur, UCB
GERVAIX Jonathan Technicien de Recherche, UCB
LERONDELLE Catherine Ingenieur d’Etudes, INRA

Personnels non permanents hors M1 et stages courts

Lise ALONSO Thèse DRAC, (2014-2017)
Féline ASSEMIEN Thèse co-tutelle RCI, (2013-2016)
Huong LE THI Thèse projet ANR, (2015-2018)
Yujie SHI Thèse co-tutelle CSC, (2016-2019)

 

Thèmes de recherche (mise à jour Mai 2015)

 

Les micro-organismes sont en grande partie responsables des flux de matière et d’énergie dans la biosphère et sont des acteurs importants du fonctionnement et de la dynamique des écosystèmes. Nous centrons nos recherches sur 2 groupes fonctionnels bactériens impliqués dans le cycle de l’azote (nitrifiants, dénitrifiants) et dans une moindre mesure sur les minéralisateurs et les fixateurs libres d’azote. Ces groupes fonctionnels sont responsables de processus complémentaires qui constituent des étapes clés du cycle de l’azote. Le groupe des nitrifiants, responsables de l’oxydation de l’azote ammoniacal et/ou nitreux) et le groupe des dénitrifiants, responsables de la réduction des formes oxydées de l’azote, sont connectés sur le plan fonctionnel au niveau du nitrite et/ou du nitrate. Nitrification, dénitrification et fixation participent conjointement et en lien avec la minéralisation au contrôle des échanges d’azote entre la biosphère et l’atmosphère et à l’équilibre entre les principales formes d’azote minéral assimilables par les plantes (ammonium et nitrate). Nitrification et dénitrification sont impliquées dans les pertes d’azote du système sol, dans le contrôle de la charge nitrique des eaux de surface ou phréatiques, ainsi que dans l’émission de gaz traces polluants (oxydes d’azote).

 

Nos thématiques de recherche s’organisent schématiquement en quatre grands axes :

  • Un aspect important du travail de notre équipe est l’étude des mécanismes de régulation de l’intensité des fonctions assurées par des microorganismes modèles ou des groupes fonctionnels de microorganismes modèles, en prenant en compte les différents niveaux de régulation possible, à savoir l’effectif, la diversité et la fonctionnalité de ces organismes. Un enjeu important est ici d’élucider les modalités de l’expression de gènes codant des enzymes clés (nitrate réductase, nitrite oxido-réductase…) au laboratoire et en conditions naturelles. Ceci permet de préciser le déterminisme de la niche de ces organismes et leur distribution dans l’espace.
  • Un second aspect clé de notre travail est d’analyser les relations diversité-fonctionnement chez ces groupes microbiens, et plus précisément d’évaluer le rôle de la diversité taxonomique et fonctionnelle, en interactions avec les conditions environnementales, sur la réalisation de la fonction assurée par ces groupes microbiens modèles. La notion de complémentarité fonctionnelle entre microorganismes possédant des niches différentes est particulièrement utilisée pour mieux comprendre les relations diversité-fonctionnement.
  • Un troisième aspect important du travail de notre équipe consiste à évaluer l’effet de la diversité végétale, et notamment de la diversité fonctionnelle des plantes, sur la diversité et le fonctionnement des groupes nitrifiants et dénitrifiants. Ceci prend en compte différents types de mécanismes possibles, allant d’impacts directs des plantes sur les communautés microbiennes (exsudation de composés spécifiques ayant un rôle trophique voire signalétique) à des impacts indirects sur des variables environnementales influençant les groupes microbiens.
  • Enfin, un quatrième aspect clé de notre travail est l’étude des effets de différents facteurs des changements globaux (changements climatiques et/ou modifications des modes d’usage des terres) et l’écologie du stress (événements extrêmes, polluants) sur l’activité, l’effectif et la diversité de groupes fonctionnels modèles, en s’intéressant à leur rôle dans le fonctionnement des écosystèmes.

Pour atteindre ces objectifs, notre équipe dispose d’outils standards et d’outils novateurs permettant de caractériser l’effectif (PCR quantitative, cytométrie de flux), la diversité (métagénomique et séquençage à haut débit ciblant notamment des gènes spécifiques de groupes fonctionnels…), les pools enzymatiques clés (sérologie) et l’activité (mesure par chromatographie en phase gazeuse, mesure de flux bruts d’azote par dilution isotopique 15N) des groupes nitrifiant, dénitrifiant et fixateur ainsi que de la communauté bactérienne dans son ensemble. A noter que notre équipe a mis au point pour la première fois un outil pour caractériser la diversité de la communauté nitratante de type Nitrobacter dans des échantillons environnementaux par ciblage du gène nxrA. Afin de caractériser les mécanismes régulant la dénitrification et la nitrification, notre équipe utilise des méthodes de génétique bactérienne (fusion transcriptionnelle et traductionnelle, construction de mutants, mesure d’activité ß-galactosidase…). Notre équipe utilise aussi de façon croissante des méthodes analytiques permettant de caractériser la diversité des substances naturelles dans la rhizosphère et le sol, ainsi que le métabolome bactérien. Enfin, pour aborder les approches à haut débit de la biologie moderne, nous employons régulièrement les méthodes de robotique disponible au laboratoire.

 

De plus, des membres de l’équipe ont un rôle clé dans 3 grands projets de recherche et de formation d’envergure régionale, nationale et internationale :

  • Le pilotage scientifique du pôle d’écotoxicologie et d’écologie du stress de Rovaltain est assuré par B. Combourieu.
  • L’institut ‘Génie de l’Environnement et Ecodéveloppement’ (IG2E) est dirigé par A. Richaume-Jolion (http://ig2e.univ-lyon1.fr/).
  • Le projet européen ‘ERAnet BiodivERsA’ financé dans le cadre du FP7 est coordonné par X. Le Roux (www.biodiversa.org).

 

Publications

2018



  • Bardon, C., Misery, B., Piola, F., Poly, F., & Le Roux, X. (2018). Control of soil N cycle processes by <i>Pteridium aquilinum</i> and <i>Erica cinerea</i> in heathlands along a pH gradient. Ecosphere, 9(9), e02426. doi:10.1002/ecs2.2426


  • Bounaffaa, M., Florio, A., Le Roux, X., & Jayet, P. - A. (2018). Economic and Environmental Analysis of Maize Inoculation by Plant Growth Promoting Rhizobacteria in the French Rhône-Alpes Region. Ecological Economics, 146, 334-346. doi:10.1016/j.ecolecon.2017.11.009


  • Crème, A., Rumpel, C., Le Roux, X., Romian, A., Lan, T., & Chabbi, A. (2018). Ley grassland under temperate climate had a legacy effect on soil organic matter quantity, biogeochemical signature and microbial activities. Soil Biology And Biochemistry, 122, 203-210. doi:10.1016/j.soilbio.2018.04.018


  • Guyonnet, J. P., Cantarel, A. A. M., Simon, L., & Haichar, F. Z. (2018). Root exudation rate as functional trait involved in plant nutrient-use strategy classification. Ecology And Evolution, 8(16), 8573-8581. doi:10.1002/ece3.4383


  • Le, H. T., Rochelle-Newall, E., Auda, Y., Ribolzi, O., Sengtaheuanghoung, O., Thébault, E., et al. (2018). Vicinal land use change strongly drives stream bacterial community in a tropical montane catchment. Fems Microbiology Ecology, 94(11). doi:10.1093/femsec/fiy155


  • Leloup, J., Baude, M., Nunan, N., Meriguet, J., Dajoz, I., Le Roux, X., & Raynaud, X. (2018). Unravelling the effects of plant species diversity and aboveground litter input on soil bacterial communities. Geoderma, 317, 1-7. doi:10.1016/j.geoderma.2017.12.018


  • Mallon, C. A., Roux, X., Doorn, G. S., Dini-Andreote, F., Poly, F., & Salles, J. F. (2018). The impact of failure: unsuccessful bacterial invasions steer the soil microbial community away from the invader’s niche. The Isme Journal, 1. doi:10.1038/s41396-017-0003-y


  • Pommier, T., Cantarel, A. A. M., Grigulis, K., Lavorel, S., Legay, N., Baxendale, C., et al. (2018). The added value of including key microbial traits to determine nitrogen-related ecosystem services in managed grasslands. (M. Isaac, Éd.)Journal Of Applied Ecology, 55(1), 49-58. doi:10.1111/1365-2664.13010


  • Srikanthasamy, T., Leloup, J., N'Dri, A. B., Barot, S., Gervaix, J., Koné, A. W., et al. (2018). Contrasting effects of grasses and trees on microbial N-cycling in an African humid savanna. Soil Biology And Biochemistry, 117, 153-163. doi:10.1016/j.soilbio.2017.11.016


  • Sutherland, W. J., Butchart, S. H. M., Connor, B., Culshaw, C., Dicks, L. V., Dinsdale, J., et al. (2018). A 2018 Horizon Scan of Emerging Issues for Global Conservation and Biological Diversity. Trends In Ecology & Evolution, 33(1), 47-58. doi:10.1016/j.tree.2017.11.006

2017



  • Assémien, F. L., Pommier, T., Gonnety, J. T., Gervaix, J., & Le Roux, X. (2017). Adaptation of soil nitrifiers to very low nitrogen level jeopardizes the efficiency of chemical fertilization in west african moist savannas. Scientific Reports, 7(1). doi:10.1038/s41598-017-10185-5


  • Bardon, C., Poly, F., Haichar, F. Z., Le Roux, X., Simon, L., Meiffren, G., et al. (2017). Biological denitrification inhibition (BDI) with procyanidins induces modification of root traits, growth and N status in Fallopia x bohemica. Soil Biology And Biochemistry, 107, 41-49. doi:10.1016/j.soilbio.2016.12.009


  • Barot, S., Allard, V., Cantarel, A., Enjalbert, J., Gauffreteau, A., Goldringer, I., et al. (2017). Designing mixtures of varieties for multifunctional agriculture with the help of ecology. A review. Agronomy For Sustainable Development, 37(2), 13. doi:10.1007/s13593-017-0418-x


  • Blondel, C., Briset, L., Legay, N., Arnoldi, C., Poly, F., Clément, J. - C., & Raveton, M. (2017). Assessing the dynamic changes of rhizosphere functionality of Zea mays plants grown in organochlorine contaminated soils. Journal Of Hazardous Materials, 331, 226-234. doi:10.1016/j.jhazmat.2017.02.056


  • El Moujahid, L., Le Roux, X., Michalet, S., Bellvert, F., Weigelt, A., & Poly, F. (2017). Effect of plant diversity on the diversity of soil organic compounds. Plos One, 12(2), e0170494. doi:10.1371/journal.pone.0170494


  • Florio, A., Pommier, T., Gervaix, J., Bérard, A., & Le Roux, X. (2017). Soil C and N statuses determine the effect of maize inoculation by plant growth-promoting rhizobacteria on nitrifying and denitrifying communities. Scientific Reports, 7(1). doi:10.1038/s41598-017-08589-4


  • Guyonnet, J. P., Vautrin, F., Meiffren, G., Labois, C., Cantarel, A. A. M., Michalet, S., et al. (2017). The effects of plant nutritional strategy on soil microbial denitrification activity through rhizosphere primary metabolites. Fems Microbiology Ecology, 93(4). doi:10.1093/femsec/fix022


  • Jurburg, S. D., Nunes, I., Stegen, J. C., Le Roux, X., Priemé, A., Sørensen, S. J., & Salles, J. F. (2017). Autogenic succession and deterministic recovery following disturbance in soil bacterial communities. Scientific Reports, 7. doi:10.1038/srep45691


  • Legay, N., Piton, G., Arnoldi, C., Bernard, L., Binet, M. - N., Mouhamadou, B., et al. (2017). Soil legacy effects of climatic stress, management and plant functional composition on microbial communities influence the response of Lolium perenne to a new drought event. Plant And Soil, 1-22. doi:10.1007/s11104-017-3403-x


  • López-Lozano, N. E., Pereira e Silva, M. C., Poly, F., Guillaumaud, N., Van Elsas, J. D., & Salles, J. F. (2017). Denitrifying bacterial communities display different temporal fluctuation patterns across Dutch agricultural soils. Antonie Van Leeuwenhoek, 1-13. doi:10.1007/s10482-017-0898-3


  • Rozier, C., Hamzaoui, J., Lemoine, D., Czarnes, S., & Legendre, L. (2017). Field-based assessment of the mechanism of maize yield enhancement by Azospirillum lipoferum CRT1. Scientific Reports, 7(1), 7416. doi:10.1038/s41598-017-07929-8


  • Salles, J. F., Pereira e Silva, M. C., Dini-Andreote, F., Dias, A. C. F., Guillaumaud, N., Poly, F., & Van Elsas, J. D. (2017). Successional patterns of key genes and processes involved in the microbial nitrogen cycle in a salt marsh chronosequence. Biogeochemistry, 1-17. doi:10.1007/s10533-017-0296-y


  • Schwob, G., Roy, M., Manzi, S., Pommier, T., & Fernandez, Mp. (2017). Green alder (Alnus viridis) encroachment shapes microbial communities in subalpine soils and impacts its bacterial or fungal symbionts differently. Environmental Microbiology, n/a-n/a. doi:10.1111/1462-2920.13818


  • Simonin, M., Martins, J. M. F., Le Roux, X., Uzu, G., Calas, A., & Richaume, A. (2017). Toxicity of TiO2 nanoparticles on soil nitrification at environmentally relevant concentrations: Lack of classical dose–response relationships. Nanotoxicology, 1-9. doi:10.1080/17435390.2017.1290845


  • Weisser, W. W., Roscher, C., Meyer, S., Ebeling, A., Luo, G., Allan, E., et al. (2017). Biodiversity effects on ecosystem functioning in a 15-year grassland experiment: patterns, mechanisms, and open questions. Basic And Applied Ecology, 23, 1-73. doi:10.1016/j.baae.2017.06.002

2016



  • Attard, E., Le Roux, X., Charrier, X., Delfosse, O., Guillaumaud, N., Lemaire, G., & Recous, S. (2016). Delayed and asymmetric responses of soil C pools and N fluxes to grassland/cropland conversions. Soil Biology And Biochemistry, 97, 31-39. doi:10.1016/j.soilbio.2016.02.016


  • Bardon, C., Poly, F., Piola, F., Pancton, M., Comte, G., Meiffren, G., & Haichar, F. Z. (2016). Mechanism of biological denitrification inhibition (BDI): procyanidins induce an allosteric transition of the membrane-bound NO3-reductase through membrane alteration. Fems Microbiology Ecology, 92(5), fiw034. doi:10.1093/femsec/fiw034
  • Carro, L., Pujic, P., Alloisio, N., Fournier, P., Boubakri, H., Poly, F., et al. (2016). Physiological effects of major up-regulated Alnus glutinosa peptides on Frankia sp. ACN14a. Microbiology, 162(7), 1173–1184.


  • Dangles, O., Loirat, J., Freour, C., Serre, S., Vacher, J., & Le Roux, X. (2016). Research on Biodiversity and Climate Change at a Distance: Collaboration Networks between Europe and Latin America and the Caribbean. Plos One, 11(6), e0157441. doi:10.1371/journal.pone.0157441


  • Florio, A., Maienza, A., Dell’Abate, M. T., Stazi, S. R., & Benedetti, A. (2016). Changes in the activity and abundance of the soil microbial community in response to the nitrification inhibitor 3,4-dimethylpyrazole phosphate (DMPP). Journal Of Soils And Sediments, 1-11. doi:10.1007/s11368-016-1471-9


  • Gignoux, J., Konaté, S., Lahoreau, G., Le Roux, X., & Simioni, G. (2016). Allocation strategies of savanna and forest tree seedlings in response to fire and shading: outcomes of a field experiment. Scientific Reports, 6, 38838. doi:10.1038/srep38838


  • Haichar, F. Z., Heulin, T., Guyonnet, J. P., & Achouak, W. (2016). Stable isotope probing of carbon flow in the plant holobiont. Current Opinion In Biotechnology, 41, 9-13. doi:10.1016/j.copbio.2016.02.023


  • Le, H. T., Ho Tu, C., Trinh, Q. H., Trinh, D. A., Luu, M. T. N., Tran, H. S., et al. (2016). Responses of aquatic bacteria to terrestrial runoff: effects on community structure and key taxonomic groups. Aquatic Microbiology, 7, 889. doi:10.3389/fmicb.2016.00889


  • Legay, N., Lavorel, S., Baxendale, C., Krainer, U., Bahn, M., Binet, M. - N., et al. (2016). Influence of plant traits, soil microbial properties, and abiotic parameters on nitrogen turnover of grassland ecosystems. Ecosphere, 7(11), n/a-n/a. doi:10.1002/ecs2.1448


  • Ma, W., Jiang, S., Assemien, F., Qin, M., Ma, B., Xie, Z., et al. (2016). Response of microbial functional groups involved in soil N cycle to N, P and NP fertilization in Tibetan alpine meadows. Soil Biology And Biochemistry, 101, 195-206. doi:10.1016/j.soilbio.2016.07.023


  • Niklaus, P. A., Le Roux, X., Poly, F., Buchmann, N., Scherer-Lorenzen, M., Weigelt, A., & Barnard, R. L. (2016). Plant species diversity affects soil–atmosphere fluxes of methane and nitrous oxide. Oecologia, 1-12. doi:10.1007/s00442-016-3611-8

  • Rozier, C., Erban, A., Hamzaoui, J., Prigent-Combaret, C., Comte, G., Kopka, J., et al. (2016). Xylem Sap Metabolite Profile Changes During Phytostimulation of Maize by the Plant Growth-Promoting Rhizobacterium, Azospirillum lipoferum CRT1. Metabolomics (Los Angel), 6(182), 2153–0769. Consulté de https://www.researchgate.net/publication/308919302_Xylem_Sap_Metabolite_Profile_Changes_During_Phytostimulation_of_Maize_by_the_Plant_Growth-Promoting_Rhizobacterium_Azospirillum_lipoferum_CRT1


  • Simonin, M., Martins, J. M. F., Uzu, G., Vince, E., & Richaume, A. (2016). Combined Study of Titanium Dioxide Nanoparticle Transport and Toxicity on Microbial Nitrifying Communities under Single and Repeated Exposures in Soil Columns. Environmental Science & Technology, 50(19), 10693-10699. doi:10.1021/acs.est.6b02415


  • Simonin, M., Richaume, A., Guyonnet, J. P., Dubost, A., Martins, J. M. F., & Pommier, T. (2016). Titanium dioxide nanoparticles strongly impact soil microbial function by affecting archaeal nitrifiers. Scientific Reports, 6, 33643. doi:10.1038/srep33643

2015



  • Bardon, C., Piola, F., Haichar, F. Z., Meiffren, G., Comte, G., Misery, B., et al. (2015). Identification of B-type procyanidins in <i>Fallopia</i> spp. involved in biological denitrification inhibition (BDI): B-type procyanidins from Fallopia involved in BDI. Environmental Microbiology. doi:10.1111/1462-2920.13062


  • Barot, S., Abbadie, L., Couvet, D., Hobbs, R. J., Lavorel, S., Mace, G. M., & Le Roux, X. (2015). Evolving away from the linear model of research: a response to Courchamp et al. Trends In Ecology & Evolution. doi:10.1016/j.tree.2015.05.005


  • Cabrol, L., Poly, F., Malhautier, L. C., Pommier, T., Lerondelle, C., Verstraete, W., et al. (2015). Management of microbial communities through transient disturbances enhances the functional resilience of nitrifying gas-biofilters to future disturbances. Environmental Science & Technology. doi:10.1021/acs.est.5b02740


  • Cantarel, A. A. M., Pommier, T., Desclos-Theveniau, M., Diquélou, S., Dumont, M., Grassein, F., et al. (2015). Using plant traits to explain plant-microbe relationships involved in nitrogen acquisition. Ecology, 96(3), 788-799. doi:10.1890/13-2107.1


  • Carro-Garcia, L., Pujic, P., Alloisio, N., Fournier, P., Boubakri, H., Hay, A. E., et al. (2015). Alnus peptides modify membrane porosity and induce the release of nitrogen-rich metabolites from nitrogen-fixing Frankia. The Isme Journal, 9(8), 1723–1733. doi:10.1038/ismej.2014.257


  • Crouzet, O., Poly, F., Bonnemoy, F., Bru, D., Batisson, I., Bohatier, J., et al. (2015). Functional and structural responses of soil N-cycling microbial communities to the herbicide mesotrione: a dose-effect microcosm approach. Environmental Science And Pollution Research, 1-11. doi:10.1007/s11356-015-4797-8


  • Eggermont, H., Balian, E., Azevedo, J. M. N., Beumer, V., Brodin, T., Claudet, J., et al. (2015). Nature-based Solutions: New Influence for Environmental Management and Research in Europe. Gaia - Ecological Perspectives For Science And Society, 24(4), 243-248. doi:10.14512/gaia.24.4.9

  • Faure, D., Bonin, P., Duran, R., & Microbial Ecology EC2CO consortium,. (2015). Environmental microbiology as a mosaic of explored ecosystems and issues. Environmental Science And Pollution Research International, 22(18), 13577-13598. doi:10.1007/s11356-015-5164-5


  • Harfouche, L., Haichar, F. Z., & Achouak, W. (2015). Small regulatory RNAs and the fine-tuning of plant–bacteria interactions. New Phytologist. doi:10.1111/nph.13195


  • Jusselme, M. D., Poly, F., Lebeau, T., Rouland-lefèvre, C., & Miambi, E. (2015). Effects of earthworms on the fungal community and microbial activity in root-adhering soil of Lantana camara during phytoextraction of lead. Applied Soil Ecology, 96, 151-158. doi:10.1016/j.apsoil.2015.07.011


  • Jusselme, M. D., Saccone, P., Zinger, L., Faure, M., Le Roux, X., Guillaumaud, N., et al. (2015). Variations in snow depth modify N-related soil microbial abundances and functioning during winter in subalpine grassland. Soil Biology And Biochemistry. doi:10.1016/j.soilbio.2015.09.013

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Livres (depuis 2006)

Chapitres de livre (depuis 2006)

2015



  • Bertrand, J. - C., Bonin, P., Caumette, P., Gattuso, J. - P., Grégori, G., Guyoneaud, R., et al. (2015). Biogeochemical Cycles. Dans J. - C. Bertrand, P. Caumette, P. Lebaron, R. Matheron, P. Normand, & T. Sime-Ngando (Éd.), Environmental Microbiology: Fundamentals And Applications (p. 511-617). Springer Netherlands. Consulté de http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-94-017-9118-2_14


  • Normand, P., Duran, R., Le Roux, X., Morris, C., & Poggiale, J. - C. (2015). Biodiversity and Microbial Ecosystems Functioning. Dans J. - C. Bertrand, P. Caumette, P. Lebaron, R. Matheron, P. Normand, & T. Sime-Ngando (Éd.), Environmental Microbiology: Fundamentals And Applications (p. 261-291). Springer Netherlands. Consulté de http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-94-017-9118-2_8

2013


  • Achouak, W., & Haichar, F. Z. (2013). Shaping of microbial community structure and function in the rhizosphere by four diverse plant species. Dans Molecular Microbial Ecology Of The Rhizosphere. Frans J. de Bruijn, published by Wiley/Blackwell, ISBN.

2012


  • Larigauderie, A., Le Roux, X., Gauthier, C. A., & Leadley, P. W. (2012). Vers une gouvernance internationale liant science et société. Dans L'exigence De La Réconciliation: Biodiversité Et Société. Fayard.

2011


  • Bertrand, J. C., Bonin, P., Caumette, P., Gattuso, J. P., Grégori, G., Guyonneaud, R., et al. (2011). Les cycles biogéochimiques. Dans Ecologie Microbienne: Microbiologie Des Milieux Naturels Et Anthropisés (p. 545-657). Publications de l'Université de Pau et des Pays de l'Adour.

  • Normand, P., Duran, R., Le Roux, X., Morris, C. E., & Poggiale, J. C. (2011). Biodiversite et fonctionnement des ecosystemes microbiens. Dans Ecologie Microbienne: Microbiologie Des Milieux Naturels Et Anthropisés (p. 263-296). Publications de l'Université de Pau et des Pays de l'Adour.

  • Le Roux, X., Recous, S., & Attard, E. (2011). Soil microbial diversity in grasslands, and its importance for grassland functioning and services. Dans Grassland Productivity And Ecosystem Services (p. 158-165). CABI.

2010


  • Le Roux, X. (2010). Le sol : un gigantesque réservoir de biodiversité. Dans Aux Origines De L'environnement (p. 130-143). [Paris]: Fayard.

  • Haichar, F. Z., & Achouak, W. (2010). Application of stable isotope probing (DNA-SIP) in the identification of cellulolytic soil bacteria and fungi. Dans Cellulose Structure And Proprieties, Derivatives And Industrial Uses. Arnaud Lejeune & Thibaut Deprez, Nova Science Publishers, Inc, New York,.

2009


  • Le Roux, X. (2009). Agriculture et biodiversité : quels grands enjeux pour demain ? Dans Humanité Et Biodiversité Manifeste Pour Une Nouvelle Alliance (p. 177-182). Paris: Descartes & Cie : Ligue ROC.

Brevets

2015

  • Bardon, C., Poly, F., Piola, F., Haichar, F. Z., & Comte, G. (2015). Utilisation de proanthocyanidines pour lutter contre la dénitrification.

Rapports nationaux/internationaux et activités de vulgarisation

Rapports nationaux ou internationaux (depuis 2006) :

2011

  • Chaveriat, C., Ghitalla, F., Pelegrin, F., Fadil, F., & Le Roux, X. (2011). La base de données nationale des acteurs, structures et projets de recherche sur la biodiversité : présentation et analyse du paysage de la recherche (p. 36pp). Expertise et synthèse FRB.
  • Mattei, S., Henkel, L., Gauthier, C. A., & Le Roux, X. (2011). Biodiversity within the ’Environment’ theme of the 7th framework programme (2007-2010) : funding amounts, success rates, temporal trends & comparison between countries (p. 32pp). Expertise and synthesis, FRB.

Articles de vulgarisation (depuis 2006) :

2015

  • Le Roux, X. (2015). Les relations biodiversité et agriculture. Rustica.

2011

  • Le Roux, X., & Gauthier, C. A. (2011). Gouvernance mondiale de la biodiversité: naissance de l'IPBES. Entreprises, Relevez Le Défi De La Biodiversité (Pays L. & Frémaux P. Ed) Victoires Éditions, 132-135.

2010

  • Le Roux, X. (2010). Agriculture en quête de nature. Campagnes Et Environnement, (11), 16-18.

2009

  • Le Roux, X. (2009). Les liens entre agriculture et biodiversité auscultés par la communauté scientifique. Revue Des Oenologues, (132), 1-2.

Films et autres médias (depuis 2006) :

Films :

2012


  • Dessine-moi un paysage bio; paysages et agricultures biologiques. (2012). Dessine-moi un paysage bio; paysages et agricultures biologiques. Ministère de l'Agriculture et Bergerie nationale. Consulté de http://www.dailymotion.com/video/xo2vne_dessine-moi-un-paysage-bio-version-courte_webcam?ralg=behavior-meta2#from=playrelon-2
  • Mémoires Rio+20: Biodiversité - histoire. (2012). Mémoires Rio+20: Biodiversité - histoire.

2010


  • La biodiversité, c'est aussi près de chez vous. (2010). La biodiversité, c'est aussi près de chez vous. Production Chromatiques / CAP CANAL. Consulté de http://www.capcanal.tv/video.php?rubrique=5&emission=4&key=kuxy8TGdEV

2009


  • Résultats de l’expertise scientifique collective “Agriculture & biodiversité”. (2009). Résultats de l’expertise scientifique collective “Agriculture & biodiversité”. Consulté de http://www.psdr-ra.fr/spip.php?rubrique44

Autres supports :

2016


  • Richaume, A. (2016, janvier 15). Écotoxicité et écodynamique des nanoparticules d’oxydes métalliques dans les sols. Consulté de http://www.envitera.com/docc/ENVIRHONALP-Interview-RICHAUME-JOLION.pdf

2012

  • Poly, F. (2012). Interview sur les microorganismes du sol pour le journal Okapi.

2010

  • Le Roux, X. (2010). Interview sur la biodiversité dans le quotidien Libération.

2009

  • Le Roux, X. (2009). Interview sur le thème ‘Biodiversité’ dans le journal de midi de la radio Sud Radio.