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 L’équipe Rhizosphère s’intéresse aux bactéries rhizosphériques stimulatrices de la croissance des plantes, que l’on qualifie souvent de PGPR (Plant Growth Promoting Rhizobacteria). Il s’agit de bactéries adaptées à un biotope particulier, la rhizosphère, c’est-à-dire le volume du sol situé au voisinage immédiat des racines des plantes et qui se caractérise par la présence d’exsudats racinaires (rhizodépôts). Les bactéries PGPR colonisent la rhizosphère en utilisant les exsudats racinaires comme substrats nutritifs, mais à la différence des autres bactéries rhizosphériques elles ont, en retour, un effet bénéfique sur la plante. Cet effet bénéfique peut être direct, lorsque la bactérie stimule la croissance racinaire (symbiose associative entre la bactérie PGPR et sa plante-hôte), ou indirect, lorsqu’elle contrôle des organismes phytoparasites (antagonisme). Les bactéries impliquées dans une symbiose stricte avec la plante (par ex. Rhizobium ou Frankia) ne sont pas considérées comme faisant partie des PGPR.
 Ces bactéries PGPR présentent un intérêt scientifique majeur, car on les retrouve principalement au niveau de la rhizosphère, c’est-à-dire dans l’habitat microbien tellurique où les activités microbiennes sont les plus intenses, et de plus elles ont un impact majeur sur le fonctionnement biologique de la rhizosphère, et donc sur les conditions de croissance et de développement de la plante. Enfin, elles présentent une grande diversité de mécanismes d’interaction avec la plante, et représentent à ce titre des modèles originaux pour l’étude de l’adaptation bactérienne à un hôte eucaryote. Au niveau appliqué, l’effet PGPR offre de plus des possibilités intéressantes pour l’agronomie et l’environnement (diminution des intrants azotés polluants grâce à la phytostimulation) ou de santé des plantes (lutte biologique).
 L’objectif général de l’équipe Rhizosphère est de comprendre les interactions entre bactéries PGPR et les racines des plantes. Nous ciblons les stades précoces de l’interaction entre PGPR et plante-hôte, tant au niveau des mécanismes d’adaptation de la bactérie que de l’effet bénéfique sur la plante. Les bactéries PGPR colonisant généralement la plante à partir du sol, notre approche a débuté avec la prise en compte, au niveau du microhabitat, des conditions d’existence de la bactérie dans le sol avant sa confrontation avec la racine. Comme il s’agit de bactéries rhizosphériques, nous nous sommes intéressés à leur diversité et aux possibilités de dissémination à l’échelle mondiale, dans l’aire de distribution de la plante-hôte. Le passage de la bactérie PGPR de l’état libre dans le sol à un état associé à la racine pouvant s’accompagner de modifications du génome (variabilité), nous avons cherché à les caractériser. Nous nous sommes enfin intéressés aux conditions d’expression de l’effet PGPR, en relation avec le fonctionnement de la rhizosphère, et avons initié l’étude du rôle joué par le phénomène de quorum sensing dans l’interaction entre bactérie PGPR et plante.

bibliographie :

• Articles

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