L’Unité Mixte de Recherche 5557 a pour intitulé et pour thème de recherche l’écologie microbienne, discipline située au carrefour de deux grands champs de recherche : l’écologie et la microbiologie. Cela lui permet de regrouper des enseignant-chercheurs et chercheurs provenant de divers établissements : CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique), Université Claude Bernard Lyon 1, et l’INRA (Institut National de la Recherche Agronomique), VetAgro Sup (campus vétérinaire de Lyon). Et de faire partie, en autres, de l’Institut Fédérative de Recherche Bio-Environnement et Santé (IFR 41).

 L’écologie microbienne a pour objectifs de connaitre la physiologie des microorganismes et l’influence de leurs activités sur les autres organismes et sur l’environnement en général, et, de façon symétrique , de préciser l’impact des facteurs biotiques et abiotiques du milieu sur ces microorganismes, de l’échelle individuelle aux communautés présentes dans un écosystème. Travaillant sur quelques fonctions-clés pour le fonctionnement de l’écosystème global comme la dénitrification ou la fixation d’azote, nous décrivons les populations microbiennes impliquées, leur diversité et leurs fluctuations, les effets de ces populations sur la fonction considérée et surtout, le rôle de ces fonctions dans l’avantage sélectif ("fitness").

 A un autre niveau conceptuel, les outils que nous utilisons relèvent de la microbiologie, que celle-ci soit physiologique, génétique, taxonomique ou biochimique. Notre Unité se situe au carrefour de plusieurs champs de recherches, l’écologie microbienne étant un véritable domaine interdisciplinaire.