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Présentation outils Génostar

Présentation des outils Genostar adaptés aux microorganismes
A partir des séquences ADN, issues de travaux de séquençage ou disponibles dans vos bases de données, Genostar s’appuie sur son savoir-faire, ses outils et son expérience pour vous fournir
- Le mapping de ces séquences sur un ou plusieurs génomes de référence, si disponibles ;
- La localisation des régions codantes sur ces génomes et la caractérisation fonctionnelle des produits de ces gènes ;
- En particulier la prédiction de leurs activités enzymatiques sous la forme des « EC numbers » correspondants ;
- Et de là, l’identification des réactions et des voies métaboliques des souches étudiées.

Genostar propose de prolonger ce processus d’annotation par des comparaisons multisouches ou multiorganismes, à travers :
• La comparaison de séquences, pour y détecter SNPs, insertions et délétions ;
• La caractérisation (identification des gènes, caractérisation de leurs fonctions) de régions d’ADN spécifiques à une ou plusieurs souches ;
• La comparaison des voies métaboliques et l’identification des réactions spécifiques, ou à l’inverse communes, à une ou plusieurs souches.

Capable d’effectuer des comparaisons 2 à 2 ou de plusieurs souches en parallèle, Genostar vous donne accès au core-génome et au core-métabolome, ainsi qu’au pan-génome et pan-métabolome de vos souches d’intérêt ou de vos métagénomes.

Dans le cadre d’analyses comparatives et différentielles, Genostar propose également le mapping de données d’expression sur les cartes métaboliques et génomiques.

Spécialiste des données microbiennes, nous fournissons à travers notre base MicroB les données connectées, génomiques, protéiques et métaboliques, sur plus de 2200 microorganismes de référence pour vos études comparatives et exploratoires. Cette base de données accueille également vos génomes annotés pour constituer votre base privée et sécurisée de connaissances de référence.