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Accueil > Actualités > Annotation de génomes et génomique comparée

Journée Satellite JOBIM 2010

Annotation de génomes et génomique comparée

Montpellier, vendredi 10 septembre 2010

Le but de cette journée satellite est de présenter les techniques
utilisées pour l’annotation et la comparaison de génomes.

Programme préliminaire :
• 9h30-10h TriAnnot : un pipeline pour l’annotation du génome du blé tendre dans le cadre de l’International Wheat Genomic (Philippe Leroy)
• 10h-10h30 Projet GNPAnnot : système d’annotation communautaire de génomes de plantes, d’insectes et dechampignons (Stéphanie Sidibé—Bocs)
• 10h30-11h Annotation de génomes d’insectes à VectorBase (Karyn Mégy)
• 11h-11h30 Résolutions des problèmes d’annotations incomplètes de gènes et des reconstructions phylogénétiques fausses dans la reconstruction de l’ordre des gènes ancestraux (Mathieu Muffato)
• 11h30-12h00 Annotation et génomique comparée bactérienne (Magali Lescot)
• 12h-13h30 Déjeuner
• 13h30-14h00 Méthodes de reconstruction de réseaux métaboliques et de contexte génomique : application à la recherche de gènes candidats pour les activités enzymatiques orphelines de séquence (Alexander Smith)
• 14h00-14h30 Génomique comparative et assemblage de génomes (Thomas Faraut)
• 14h30-15h00 GreenPhylDB : génomique fonctionnelle et comparée chez lesplantes (Mathieu Rouard)
• 15h00-15h30 Pause
• 15h30-16h30 Génomique comparative chez les plantes (Jérome Salse)

Inscription :
L’inscription est gratuite mais en raison d’une capacité d’accueil
limitée (50 personnes), il est impératif de s’inscrire.

Pour vous inscrire à cette journée satellite, merci d’envoyer un e-mail à Karyn Mégy (kmegy @ ebi.ac.uk) en précisant :

- vos nom et prénom(s),

- votre adresse e-mail,

- si vous comptez ou non participer à JOBIM.

Karyn Mégy,
au nom du comité d’organisation.

[en]

Progress in new sequencing technologies has lead to a plethora of genomes being sequenced. But the sequence in itself is only a first step ; the annotation and the genome comparison are essential for an optimal use of these data. The aim of this workshop GTGC is to present and discuss various examples of genome annotation and comparative genomics, from plants to insects, bacteria and fungi.
Programme :

* 9h30-10h TriAnnot : annotation of the wheat genome (International Wheat Genomic - Philippe Leroy, INRA, UMR GDEC)
* 10h-10h30 GNPAnnot Project : a community annotation system for plants, insects and fungi genomes (Stéphanie Sidibé—Bocs, Cirad, UMR DAP)
* 10h30-11h Insect genome annotation at VectorBase (Karyn Mégy, EBI, VectorBase/EnsemblGenomes)
* 11h-11h15 Coffe break
* 11h15-11h45 Dealing with incomplete gene annotations and faulty phylogenetic trees, in ancestral gene order reconstruction (Mathieu Muffato, CNRS, UMR REG)
* 11h45-12h15 Annotation and comparative genomics in bacteria (Magali Lescot, CNRS, UPR IGS)
* 12h15-12h45 QOD : a novel approach for comparative genomics & annotation transfer (Alban Mancheron, CNRS, UMR LIRMM)
* 12h45-13h15 Reconstruction of metabolic networks and genomic context : application to the identification of candidate genes with enzymatic activities and unknown sequence (A.Smith, CEA, UMR GM)
* 13h15-14h30 Lunch
* 14h30-15h00 Comparative genomics and genome assembly (Thomas Faraut, CNRS, UMR LBBE)
* 15h00-15h30 GreenPhylDB : functional and comparative genomics in plants (Mathieu Rouard, Bioversity, CfL)
* 15h30-16h30 Comparative genomics in plants (Jérome Salse, INRA, UMR GDEC)

Chairmen : Sèverine Bérard, Karyn Megy, Eric Tannier.

Note : presentations and (formal) discussions will be in French.
Registration :

To register for the "Genome annotation and comparative genomics" workshop, please send an e-mail to karyn megy (kmegy /at/ ebi.ac.uk), including your first name, surname and whether or not you intend to participate in the JOBIM conference.

Registration is free but is also imperative due limited room space.