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Accueil > Equipes de Recherche > Interactions Microeucaryotes-Bactéries-Archées (IMBA) > Interactions Microeucaryotes-Bactéries-Archées (IMBA)

Interactions Microeucaryotes-Bactéries-Archées (IMBA)

Responsable : FRAISSINET-TACHET Laurence
Co-Responsable : HUGONI Mylène

Personnels permanents

CHAPULLIOT David Technicien, INRA
FRAISSINET-TACHET Laurence Maître de Conférences, UCB
HUGONI Mylène Maître de Conférences, UCB
MELAYAH Delphine Maître de Conférences, UCB
VALLON Laurent Technicien, UCB

Personnels non permanents

BONTEMPS Zélia Doctorante (2020-2023)
MAUCOURT Flavien Doctorant (2019-2022)

Présentation :

Les microorganismes, leur biodiversité, leurs fonctions et leurs interactions, représentent l’une des composantes majeures des écosystèmes. En effet, ils sont le support de grandes fonctions écosystémiques très importantes. A l’heure actuelle, même si l’on suspecte que les différents domaines de la vie microbienne interagissent entre eux pour la réalisation de ces fonctions, les connaissances visant à évaluer les interactions biotiques et les facteurs de contrôle environnementaux qui déterminent la structure des communautés et leur activité sont mal documentées. En particulier, face à des perturbations naturelles ou anthropiques, les microorganismes sont doués de capacités d’adaptation leur permettant de faire face à ces contraintes environnementales. Ainsi, comprendre la distribution, la dynamique et les interactions mises en œuvre par la composante microbienne, qu’elle soit eucaryote, archéenne ou bactérienne, représente un point critique afin d’appréhender les processus fonctionnels qui en découlent et donc le fonctionnement des écosystèmes.

Dans ce contexte, l’équipe IMBA, créée en 2020, s’intéresse à l’identification et la compréhension de la distribution des communautés microbiennes des trois domaines de la vie, abondantes et rares, de sa dynamique et de son rôle dans le fonctionnement d’écosystèmes terrestres ou aquatiques soumis à des pressions environnementales fortes d’origines naturelles ou anthropiques. L’étude d’écosystèmes étant soumis à de fortes pressions environnementales devrait faciliter la mise en évidence d’interactions au sein des trois domaines de la vie, de par la “simplification” du réseau trophique. Ainsi, les écosystèmes que nous étudions sont des milieux présentant des gradients très marqués de variables environnementales où le recyclage de la matière organique joue un rôle clé.

Nos travaux de recherche s’articulent en deux thèmes qui visent à étudier, d’une part, la biodiversité et les interactions microbiennes au niveau des trois domaines de la vie et, d’autre part, les fonctions liées au recyclage de molécules organiques lors de ces interactions microbiennes.

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Thème 1 : biodiversité et interactions microeucaryotes-bactéries-archées

Le premier thème vise à évaluer la biodiversité microbienne des 3 domaines du vivant et l’impact des contraintes environnementales sur la structure de ces communautés. En outre, l’identification d’interactions potentielles réalisées in situ par la construction de réseaux de co-occurrence et la validation de la coexistence potentielle des partenaires microbiens précédemment identifiés sont recherchées. L’exploration de la biodiversité microbienne est réalisée sans a priori, l’existence et le rôle de certains consortia microbiens existant in situ dans les écosystèmes sont analysés plus spécifiquement et reconstruits au laboratoire lors de mises en culture.
Méthodologies mises en œuvre :
Les approches que nous utilisons s’appuient sur la mise en œuvre d’outils d’écologie moléculaire de métabarcoding et de métagénomique couplées à des analyses de bioinformatiques et de biostatistiques mais également des outils d’écologie microbienne classique (culturomique) ou innovante (microscopie après marquage FISH (Fluorescent In Situ Hybridization) ou isolement par MISH (Magnetic In Situ Hybridization)).

Thème 2 : Fonctions liées au recyclage de molécules organiques au cours des interactions microbiennes inter-domaines

Le thème 2 s’attache aux fonctions essentielles à la survie des microorganismes dans des environnements fortement contraints, à savoir, leur capacité à prendre en charge des molécules organiques grâce à leurs métabolismes conjoints puis à échanger si nécessaire ces molécules pour leur survie. Ainsi, la diversité fonctionnelle des microorganismes est analysée par des approches ciblées ou sans a priori en faisant appel à un panel d’outils de biochimie classique à ceux d’écologie moléculaire tels le métabarcoding fonctionnel, la métatranscriptomique et pour perspective, la métabolomique.