Ecologie urbaine de bactéries pathogènes – méta-analyses NGS des biais de répartition, et étude de convergences génomiques et fonctionnelles

Durée : 18 mois (avec possibilité de prolongation), démarrage dès que possible à partir de septembre 2018

Lieu : UMR Ecologie Microbienne – Lyon (superviseur : Benoit Cournoyer – DR CNRS)

Eléments de contexte
Ce contrat post-doc s’effectuera dans un contexte interdisciplinaire impliquant des collaborations entre équipes des domaines de l’écologie des agents infectieux, de l’hydrologie urbaine, de la chimie environnementale et de l’urbanisme.
Il s’inscrit dans le grand champ thématique de la « santé globale » mais se focalisera sur l’incidence des organisations urbaines et pratiques de gestion des eaux pluviales en ville, dont l’usage de bassins d’infiltration (BI), sur la dissémination et sélection de certains génotypes de bactéries pathogènes (classées dans le groupe des g-protéobactéries). Les travaux du post-doctorant s’appuieront sur des jeux de données NGS (next generation sequencing) permettant d’inférer les biais de répartition de ces génotypes en fonction de certains paramètres et observations concernant la typologie des organisations urbaines mais également la présence de contaminants chimiques et l’épaisseur des zones insaturées des BI. Des séquençages complets de génomes bactériens (isolats urbains dominants) par la technologie PacBio (ou similaire) et analyses comparatives de leur composition seront effectués pour permettre l’identification de configurations génétiques sélectionnées par la ville. Ces travaux seront complétés d’études en microcosme (colonne) pour préciser les conditions d’expression (RNAseq ou qPCR) de certains éléments génétiques susceptibles de conférer un avantage sélectif en milieu urbain aux génotypes détectés.

Modalités de dépôt d’une candidature :
Merci d’envoyer un CV et une lettre de motivation avant le 1^er juillet 2018 à :
benoit.cournoyer univ-lyon1.fr / benoit.cournoyer vetagro-sup.fr