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L’émergence de l’écotoxicologie microbienne : contexte local et national

Stéphane Pesce & Chloé Bonnineau

L’Écotoxicologie Microbienne est une thématique en émergence qui répond à une forte demande politique et sociétale en relation avec des préoccupations environnementales et de santé publique 1 . Elle vise ainsi non seulement à conduire des recherches fondamentales pour comprendre l’impact des polluants sur les processus microbiens et vice versa, mais aussi à réaliser des recherches appliquées pour contribuer à l’évaluation des risques écotoxiques et fournir des outils directement utilisables pour la surveillance de la qualité de l’environnement et la restauration des sites pollués.

Dans ce contexte, nos recherches couplent des approches expérimentales en microcosmes à des suivis dans des milieux aquatiques contaminés afin d’étudier la réponse structurelle et fonctionnelle des communautés microbiennes aquatiques benthiques (périphyton, sédiments et communautés associées à des substrats végétaux) à différents toxiques (métaux, pesticides, PCBs, substances médicamenteuses...). Nos études sont menées à l’échelle de la communauté en ciblant à la fois des micro-organismes phototrophes (microalgues et cyanobactéries) et hétérotrophes (bactéries et champignons). Dans un contexte de changement global, les approches multistress sont privilégiées et une attention particulière est portée à l’étude des capacités adaptatives des communautés microbiennes aux toxiques, en vue notamment de proposer des approches de bioindication plus spécifiques de ces substances.

En parallèle, et suite à la création en 2015 du RTP EcotoxicoMic (www.ecotoxicomic.fr), nous souhaitons continuer de nous impliquer fortement dans les démarches de structuration de l’écotoxicologie microbienne à l’échelle locale, régionale et nationale. Nous souhaitons également contribuer au développement de ce réseau à l’échelle internationale, via l’organisation en novembre 2017 à Lyon du 1 er congrès international entièrement dédié à cette thématique 2.